vasp-vtst 优化过渡态时不走步

北大-陶豫

我在并行超算平台编译好了 VASP-vtst，计算频率等任务均能正常完成，但在Dimer法寻找过渡态时，无法正常走步。
例如我试图运行 vtst 官网的一个例子：http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/dimer.html，里面提供了一个氢在铱晶格中迁移的例子，输入文件为http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/_static/dimer/dimrun.tar.gz，最后优化达到的结果应该为http://theory.cm.utexas.edu/vtst ... run_complete.tar.gz。
但我优化过程中，原样照搬样例的输入文件，计算结果放在附件中。我发现过渡态优化并不能走步。例如我原样照搬官网上 dimrun.tar.gz 的输入输出文件，结果放在帖子附件 dimrun_failed.tgz 中。查看 OSZICAR 可以发现结构没有任何变动：

1. [dimrun]$ grep "F=" OSZICAR | tail
   
2. 331 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =-.154159E-09
   
3. 332 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.537057E-09
   
4. 333 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.361979E-09
   
5. 334 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =-.182627E-08
   
6. 335 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.447926E-09
   
7. 336 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.100817E-08
   
8. 337 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =-.143245E-08
   
9. 338 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =-.149157E-09
   
10. 339 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.115870E-08
    
11. 340 F= -.38080430E+02 E0= -.38060876E+02  d E =0.171440E-09
    
12. [dimrun]$

复制代码

事实上这三百多步每一步的能量都是 -.38080430E+02，没有任何变动，在 VESTA 中查看 CONTCAR 文件也发现与 POSCAR 没有肉眼可见的区别，而官网上给的样例中的 CONTCAR 就明显与 POSCAR 有肉眼可见的区别。另外，官网说计算过程中应该生成 DIMCAR 等文件，在我的计算中也没有生成。


想请问一下问题出在哪里了呢？我是否应该抛弃vasp-vtst，转用其它方法？谢谢！

含光君

陶豫师兄好，我用你的输入文件放超算上算任务可以正常进行，离子步用了35步收敛，也有正常生成DIMCAR。

1. [lijun@c01n01 ty]$ grep F= OSZICAR | tail
   
2.   26 F= -.38191302E+02 E0= -.38171336E+02  d E =-.719782E-04
   
3.   27 F= -.38191304E+02 E0= -.38171327E+02  d E =-.177206E-05
   
4.   28 F= -.38191344E+02 E0= -.38171365E+02  d E =-.394289E-04
   
5.   29 F= -.38191090E+02 E0= -.38171093E+02  d E =0.253318E-03
   
6.   30 F= -.38190796E+02 E0= -.38170872E+02  d E =0.294196E-03
   
7.   31 F= -.38191304E+02 E0= -.38171327E+02  d E =-.508443E-03
   
8.   32 F= -.38191344E+02 E0= -.38171367E+02  d E =-.391910E-04
   
9.   33 F= -.38191243E+02 E0= -.38171295E+02  d E =0.101044E-03
   
10.   34 F= -.38191029E+02 E0= -.38171044E+02  d E =0.213735E-03
    
11.   35 F= -.38191305E+02 E0= -.38171330E+02  d E =-.275688E-03
    
12. [lijun@c01n01 ty]$ cat DIMCAR
    
13. Step         Force        Torque        Energy     Curvature         Angle
    
14.     1       3.26054       1.41155     -38.08043      -3.67132       7.26870
    
15.     1       3.26054       0.41632     -38.08043      -3.87527       0.42468
    
16.     2       0.65166       0.31151     -38.17794      -2.88579       0.96438
    
17.     3       0.18221       0.23912     -38.19432      -2.86153       0.25977
    
18.     4       0.21125       0.12936     -38.19318      -2.83568       0.16507
    
19.     5       0.03442       0.62479     -38.19130      -3.03986       0.63869
    
20.     6       0.01106       0.07201     -38.19130      -3.06545       0.14553
    
21.     7       0.00565       0.05258     -38.19130      -3.04113       0.07753
    
22.     8       0.00189       0.04252     -38.19130      -3.04675       0.15472
    
23.     9       0.00073       ---         -38.19130       ---           ---

复制代码

可能是vtst编译的问题，可以检查下CINEB等功能是否可以正常使用

北大-陶豫

含光君 发表于 2023-3-15 14:57
陶豫师兄好，我用你的输入文件放超算上算任务可以正常进行，离子步用了35步收敛，也有正常生成DIMCAR。

...

请问你用的是什么版本的VASP和VTST，超算平台环境都是啥样的？安装过程可以给我看看吗？非常感谢！！

含光君

北大-陶豫 发表于 2023-3-15 15:55
请问你用的是什么版本的VASP和VTST，超算平台环境都是啥样的？安装过程可以给我看看吗？非常感谢！！

我用的版本是vasp6.3.0，vtstcode-184，自己组centOS7环境服务器和南大超算都顺利编译并正常使用。安装过程：

1. VASP+VASPsol+VTST+vaspkit
   
2. 
   
3. =========================================
   
4. 
   
5. VASP
   
6. 
   
7. 参考网站  https://www.vasp.at/wiki/index.php/Installing_VASP.6.X.X
   
8. 
   
9. tar -zxvf vasp.6.3.0.tgz; cd vasp.6.3.0
   
10. 
    
11. 从本地复制makefile.include模板，如无模板需 cp arch/makefile.include.intel  ./makefile.include 后修改参数
    
12. 
    
13. source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
    
14. make DEPS=1 -j56 all
    
15. make test
    
16. 
    
17. 修改 .bashrc 文件：
    
18. export PATH=$PATH:/home/lijun/softwarez/vasp.6.3.0/bin
    
19. 
    
20. source ~/.bashrc
    
21. 
    
22. 测试
    
23. mpirun -np 16 vasp_std
    
24. 
    
25. =========================================
    
26. 
    
27. VASPsol
    
28. 
    
29. 参考网站  https://github.com/henniggroup/VASPsol
    
30. 
    
31. <<修改部分文件重新编译，如果已编译过 VASP 需要先执行 make veryclean 再重新编译>>
    
32. 把 VASPsol/src 目录下的 solvation.F 文件拷贝到 VASP/src 目录下
    
33. 把 VASPsol/src/patches 目录下的补丁文件 pbz_patch_610 拷贝到 VASP 目录下
    
34. 在 VASP 目录下 makefile.include 中添加 -Dsol_compat
    
35. 确认 VASP/src/.objects 文件中 solvation.o 出现在 pot.o 之前
    
36. 
    
37. VASP目录下运行
    
38. patch -p0 < pbz_patch_610
    
39. 
    
40. 编译VASP
    
41. 
    
42. =========================================
    
43. 
    
44. VTST
    
45. 
    
46. 参考网站  https://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html
    
47. 
    
48. tar -zxvf vtstcode-184.tgz
    
49. 
    
50. 根据网站指示修改 VASP/src 目录下的 Main.F 文件  
    
51. 把 vtstcode-184 目录下的所有 .F 文件（对应 VASP6.3 版本）拷贝到 VASP/src 目录下
    
52. 修改 VASP/src/.objects 文件，在 chain.o \ 一行之前加入下面两行
    
53. 
    
54. bfgs.o dynmat.o  instanton.o  lbfgs.o sd.o   cg.o dimer.o bbm.o \
    
55. fire.o lanczos.o neb.o  qm.o opt.o\
    
56. 
    
57. 编译VASP
    
58. 
    
59. 
    
60. ***关于VTST脚本
    
61. 
    
62. 参考网站  https://www.bigbrosci.com/2018/11/10/ex72/
    
63. 
    
64. tar -zxvf vtstscripts.tgz
    
65. 
    
66. 根据网站指示修改 nebresults.pl 文件
    
67. 
    
68. 修改 .bashrc 文件：
    
69. export PATH=$PATH:/home/lijun/softwarez/vtstscripts-1022
    
70. 
    
71. source ~/.bashrc
    
72. 
    
73. 
    
74. **CI-NEB 使用方法
    
75. 准备好POSCAR、CONTCAR、INCAR、POTCAR、KPOINTS、提交脚本于同一目录下。
    
76. （注意INCAR修改相关关键词）
    
77. 
    
78. 轨迹检查 vaspkit 504
    
79. 
    
80. nebmake.pl POSCAR CONTCAR 8
    
81. 
    
82. dist.pl POSCAR CONTCAR
    
83. 
    
84. ==========================================

复制代码

wypkdhd

版本很关键，vasp5和6使用的VTST的code不是一个，所以编译的时候很容易出问题。建议grep VTST OUTCAT看看有没有返回值，再说其他的。

北大-陶豫

wypkdhd 发表于 2023-3-16 08:34
版本很关键，vasp5和6使用的VTST的code不是一个，所以编译的时候很容易出问题。建议grep VTST OUTCAT看看有 ...

谢谢。我看了一下，确实OUTCAR里没有。我想问一下，我自己编译的时候，按照官网上的提示操作之后编译，最后就会报错。报错之后我原样重新编译，make > log.txt 2>err.txt，会跳过之前已经成功了的部分，然后输出如下报错信息（放在附件里）。可以帮忙看看这是怎么回事吗？谢谢！

wypkdhd

北大-陶豫 发表于 2023-3-16 16:36
谢谢。我看了一下，确实OUTCAR里没有。我想问一下，我自己编译的时候，按照官网上的提示操作之后编译，最 ...

实话说，我现在都没编译过vasp6版本，所以我也不知道你是啥情况，建议参考下刘锦程老师在论坛的帖子，先保证能正常编译不带VTST的vasp，然后删干净，再下VTST code进行操作。