报错“ Not enough atomtypes (0 instead of 3)”

pereira · 发表于 Post on 2023-3-15 21:58:29

各位老师好，我在给胰岛素蛋白质分子（4ajk_newbox.gro)进行真空能量最小化时，出现了报错。能量最小化命令为：gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c 4ajk_newbox.gro -p topol.top -o em-vac.tpr
报错为：
ERROR 1 [file ffbonded.itp, line 1512]:
Not enough atomtypes (0 instead of 3)
我的ffbonded.itp文件中1512行是：
HS S CT2 5 95.000000 324.678400 0.00000000 0.00

附上我的蛋白质结构文件，拓扑文件以及能量最小化文件。

不知道是哪里出了问题，请各位老师批评指正，感激不尽！

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-15 23:30:37

别人没你用的额外力场包不方便判断
如果没有特殊原因，可以用其它力场再试，诸如AMBER14SB

pereira · 发表于 Post on 2023-3-16 10:33:21

sobereva 发表于 2023-3-15 23:30
别人没你用的额外力场包不方便判断
如果没有特殊原因，可以用其它力场再试，诸如AMBER14SB

好的，谢谢社长。我尝试一下。

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[GROMACS] 报错“ Not enough atomtypes (0 instead of 3)”

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