[GROMACS] 模拟单分子在溶液中，抽提分子势能数值为正合理吗

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发表于 Post on 2023-3-17 13:06:57 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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用GROMACS模拟单分子在水溶液中，从gro文件中生成分子的index文件，然后从md模拟中抽提出分子的轨迹和tpr文件，利用tpr文件rerun得到分子的edr，然后利用energy输出分子potential。发现某些构型的势能随时间的曲线倒是平稳的，但其potential为正值。一共五组构型，其中两组出现势能为正的情况。从量化opt结果上看，这两组分子的HF能量是五组里面最低的（分别为-7812和-5810 Hartree）。
请问一般小分子在溶液中，分子potential为正合理吗，如何理解这种现象。谢谢~~