mdrun输出.gro文件ligand散开

MGET127 · 发表于 Post on 2023-3-19 09:28:10

尝试做一个配体蛋白水溶液模型，但是在能量最小化后发现ligand散开（如下图）。

怀疑是.top文件问题，在真空常温下跑了100000，看轨迹文件正常。发现分子有移动，但是没有任何断裂的现象。
想看em过程中大概那个部分出了问题，通过调整 "nstout=2"（初始值为50），看轨迹.trr文件。发现小分子有舒展但是整个过程没有断裂（如下两图，左为紧凑，右为舒展）。

不太明白是哪个地方出现问题，该如何修改。先谢谢各位老师同学。
以下是我单独跑em的文件

em_check.zip (568.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 5) ，.trr文件因为体积比较大不便上传，请谅解，整个过程用3080跑大概15s，并不会您耽搁太久。

牧生 · 发表于 Post on 2023-3-19 12:24:16

大概率是.top文件里面，各个物质出现的顺序不对。

MGET127 · 发表于 Post on 2023-3-19 12:54:21

牧生发表于 2023-3-19 12:24
大概率是.top文件里面，各个物质出现的顺序不对。

谢谢老师回答，但是我检查了我.top文件中的[molecules]栏，顺序是蛋白-配体-SOL-NA，和.gro文件中的顺序是一样的，数目也能对上。不太明白是什么顺序不对。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-20 04:56:50

从你的第三张图看，结构已经严重扭曲了，诸如甲基碳都没有sp3杂化应有的结构。不管散不散开，当前结果都已经没法用了，分子的拓扑文件一定存在硬伤。

MGET127 · 发表于 Post on 2023-3-20 08:46:57

sobereva 发表于 2023-3-20 04:56
从你的第三张图看，结构已经严重扭曲了，诸如甲基碳都没有sp3杂化应有的结构。不管散不散开，当前结果都已 ...

谢谢老师回答，我是通过sobtop，124顺序得到的.top文件。我再尝试下其他方法。

MGET127 · 发表于 Post on 2023-3-20 22:51:46

目前得出的结论：我引入的gmx的"gromos54a7.ff/forcefield.itp"中的[default]和sobtop得出的.top中的[default]值不同，我之前选用的为系统自带参数导致.top文件错误。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-21 02:55:57

MGET127 发表于 2023-3-20 22:51
目前得出的结论：我引入的gmx的"gromos54a7.ff/forcefield.itp"中的[default]和sobtop得出的.top中的[defau ...

太缺乏力场常识
GROMOS和AMERR/GAFF完全不兼容，要include也是include AMBER的forcefield.itp

MGET127 · 发表于 Post on 2023-3-21 08:05:07

sobereva 发表于 2023-3-21 02:55
太缺乏力场常识
GROMOS和AMERR/GAFF完全不兼容，要include也是include AMBER的forcefield.itp

好的老师，我之后会注意这个问题。

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