求助，模拟结果出错，找不到哪里出了问题，求大佬指点！

zyp1999 · 发表于 Post on 2023-3-20 09:49:12

我用gromacs做水穿过多层COF膜的nvt模拟过程，膜在盒子中间、上下分别是填充的水和真空，在盒子两端加了石墨烯板来施加压力。但是在我nvt跑了5ns之后跑完的结果是下层依旧有很大的真空区，具体跑前跑后的图如下：[url=]图片 Image[/url]
然后我的mdp文件是这样的：[url=]附件 Attachment[/url]
然后这里我的top文件都是用sobtop生成之后再加电荷得到的。
真的不知道是哪里出问题了，求求各位老师指点！

牧生 · 发表于 Post on 2023-3-20 10:59:23

你建立盒子的时候就有真空，然后nvt跑出来真空，很正常啊。。。没有真空才有问题

zyp1999 · 发表于 Post on 2023-3-20 11:15:17

牧生发表于 2023-3-20 10:59
你建立盒子的时候就有真空，然后nvt跑出来真空，很正常啊。。。没有真空才有问题

我还施压了，水不应该会穿过膜到下面的真空区吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-20 15:03:08

zyp1999 发表于 2023-3-20 11:15
我还施压了，水不应该会穿过膜到下面的真空区吗？

明显还没压到底，压的程度连真空区都还没消掉，更别提穿膜了

zyp1999 · 发表于 Post on 2023-3-20 15:12:28

本帖最后由 zyp1999 于 2023-3-20 15:50 编辑

sobereva 发表于 2023-3-20 15:03
明显还没压到底，压的程度连真空区都还没消掉，更别提穿膜了

所以是上层石墨烯上施加的压力不够吗（我这里是20mpa）？还是跑的时间不够长？还有就是我现在基本上每次跑的话下层的石墨烯都会跑出盒子外面，然后就显示两层石墨烯叠在一起了（如图），这个是什么问题？

zyp1999 · 发表于 Post on 2023-3-22 15:14:27

sobereva 发表于 2023-3-20 15:03
明显还没压到底，压的程度连真空区都还没消掉，更别提穿膜了

老师，我的mdp文件有没有哪里有问题啊？

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