求助：cp2k安装出错Could not compile a Fortran program with an 'use mpi' state...

qmlearner · 发表于 Post on 2023-3-21 15:33:29

本帖最后由 qmlearner 于 2023-4-6 17:22 编辑

大家好，请教一一个问题：在Centos系统通过toolchain离线安装cp2k-2023，

./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=system --with-plumed=install --with-gcc=system --with-cmake=system

其中gcc/9.3.0，openmpi/4.1.1

在安装到ELPA依赖库时出现下面的错误：Configure: error: Could not compile a Fortran program with an 'use mpi' statement.

在网上找了很久也没什么头绪，请问这是怎么回事呢，非常感谢！

beyond · 发表于 Post on 2023-3-21 17:01:55

可以考虑不装elpa的

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-21 23:29:55

如果不编译ELPA就完全正常，甭编译ELPA就完了，一般情况下结合ELPA也没什么明显益处

qmlearner · 发表于 Post on 2023-3-22 15:43:50

本帖最后由 qmlearner 于 2023-3-22 15:46 编辑

beyond 发表于 2023-3-21 17:01
可以考虑不装elpa的

谢谢您，我试了一下不安装elpa，在编译cp2k的时候又出现了以下错误：

make –j 16 ARCH=local VERSION=”ssmp psmp”

Fetal Error: mkl_version.h: No such file or directory
Compliation terminated
Make[3]:*** [fftw3_lib.o] Error 1
Make[3]:*** Waiting for unfinished jobs….

但是安装依赖库的时候，出现了以下内容，说明系统里有MKL

=============Finding MKL from system paths====================
MKLROOT is found to be /zbs/intel2015/composer_xe_2015.0.090/mkl
libm is found in ld search path
libdl is found in ld search path
Step mkl took 0.00 seconds
Step fftw took 0.00 seconds.

我又重新安装了一遍依赖库（没有删除原来的build文件夹），这次加上--with-openblas=install --with-scalapack=install，如下：

./install_cp2k_toochain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=system --with-plumed=install --with-gcc=system --with-cmake=system --with-elpa=no --with-openblas=install --with-scalapack=install

在编译的时候又出现下面的错误，也没有找到更具体的错误提示
Make[2]:*** [all] Error 2
Make[1]:*** [ssmp] Error 2
Make: *** [all] Error 2

请问这还可以怎么尝试呢？

qmlearner · 发表于 Post on 2023-3-22 15:46:13

sobereva 发表于 2023-3-21 23:29
如果不编译ELPA就完全正常，甭编译ELPA就完了，一般情况下结合ELPA也没什么明显益处

谢谢卢老师，我试了一下不安装elpa，在编译cp2k的时候又出现了以下错误：

make –j 16 ARCH=local VERSION=”ssmp psmp”

Fetal Error: mkl_version.h: No such file or directory
Compliation terminated
Make[3]:*** [fftw3_lib.o] Error 1
Make[3]:*** Waiting for unfinished jobs….

但是安装依赖库的时候，出现了以下内容，说明系统里有MKL

=============Finding MKL from system paths====================
MKLROOT is found to be /zbs/intel2015/composer_xe_2015.0.090/mkl
libm is found in ld search path
libdl is found in ld search path
Step mkl took 0.00 seconds
Step fftw took 0.00 seconds.

我又重新安装了一遍依赖库（没有删除原来的build文件夹），这次加上了--with-openblas=install --with-scalapack=install，如下：

./install_cp2k_toochain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=system --with-plumed=install --with-gcc=system --with-cmake=system --with-elpa=no --with-openblas=install --with-scalapack=install

在编译的时候又出现下面的错误，也没有找到更具体的错误提示
Make[2]:*** [all] Error 2
Make[1]:*** [ssmp] Error 2
Make: *** [all] Error 2

请问这还可以怎么尝试呢？

beyond · 发表于 Post on 2023-3-22 17:27:56

qmlearner 发表于 2023-3-22 15:43
谢谢您，我试了一下不安装elpa，在编译cp2k的时候又出现了以下错误：

make –j 16 ARCH=local VERSION ...

那就把环境变量中的MKL去掉，编译的时候加上--with -fftw=install 试试

qmlearner · 发表于 Post on 2023-3-23 10:16:17

beyond 发表于 2023-3-22 17:27
那就把环境变量中的MKL去掉，编译的时候加上--with -fftw=install 试试

我是在服务器上安装，我看了下MKL的环境变量写在/etc/profile里，是管理员设的，改不了。。

beyond · 发表于 Post on 2023-3-30 15:55:18

qmlearner 发表于 2023-3-23 10:16
我是在服务器上安装，我看了下MKL的环境变量写在/etc/profile里，是管理员设的，改不了。。

那也可以改的

echo $PATH
然后export PATH= ......
echo $LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY=......
把有MKL的部分去掉就可以了

qmlearner · 发表于 Post on 2023-4-3 14:36:27

beyond 发表于 2023-3-30 15:55
那也可以改的

echo $PATH

echo $PATH看到的环境变量应该都是本用户自己添加的环境变量，只对本用户有效（echo $PATH看了一下，我的环境变量里确实是没有MKL）。但我们服务器上是在/ect/profile里添加了一个对所有用户有效的MKL环境变量，所以我觉得作为普通用户应该没权限修改这个。多谢啦

乐平 · 发表于 Post on 2023-4-3 19:29:54

本帖最后由乐平于 2023-4-3 19:43 编辑

qmlearner 发表于 2023-4-3 14:36
echo $PATH看到的环境变量应该都是本用户自己添加的环境变量，只对本用户有效（echo $PATH看了一下，我的 ...

你可以找一下服务器里 Intel 编译器里的 MKL 的位置在哪里，然后自己 source 它就能调用了

比如，如果你的服务器里 Intel 编译器安装在 /share/intel2020，那么你可以

source /share/intel2020/parallel_studio_xe_2020/compilers_and_libraries_2020/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64

复制代码

如果你的服务器上安装的是 Intel OneAPI，类似地

source /share/oneapi2022/mkl/latest/env/vars.sh intel64

复制代码

确认是否已经调用了 MKL，可以输入

echo $MKLROOT

复制代码

abin · 发表于 Post on 2023-4-3 19:40:26

还真有不专业的运维技术，
在生产环境，
使用全局设定呀！

这是多么白痴呀！

qmlearner · 发表于 Post on 2023-4-4 09:52:00

乐平发表于 2023-4-3 19:29
你可以找一下服务器里 Intel 编译器里的 MKL 的位置在哪里，然后自己 source 它就能调用了

比如，如果 ...

好滴，我去试一下，多谢老师指点

qmlearner · 发表于 Post on 2023-4-4 09:52:40

abin 发表于 2023-4-3 19:40
还真有不专业的运维技术，
在生产环境，
使用全局设定呀！

qmlearner · 发表于 Post on 2023-4-4 11:28:18

abin 发表于 2023-4-3 19:40
还真有不专业的运维技术，
在生产环境，
使用全局设定呀！

请问下大佬，如果我自己离线安装一个MKL的话，/etc/profile中的变量会把我自己的覆盖吗？就是编译cp2k的时候它会直接找/etc/profile中的MKL还是找我自己装的MKL呢？

乐平 · 发表于 Post on 2023-4-4 11:46:23

qmlearner 发表于 2023-4-4 11:28
请问下大佬，如果我自己离线安装一个MKL的话，/etc/profile中的变量会把我自己的覆盖吗？就是编译cp2k的 ...

我在 10 楼的帖子里告诉你了呀，你可以用

echo $MKLROOT

复制代码

命令查看你调用的是哪个 MKL

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