2023年3月MD benchmark测试首篇——4090悄悄变快了

不想飞的猫头鹰

Entropy.S.I 发表于 2023-3-29 18:10
至少加上-pin on -update gpu，我不知道你用的CPU是什么，但只用8个OpenMP线程且不加-bonded gpu在大多数 ...

嗯嗯，昨晚开组会，才看到消息，实在抱歉。看啦，因为考虑到有时候需要稍微跑一下gaussian做优化加振动分析，sob老师建议纯大核，就综合您的推荐买了7950X，我是习惯分成两组八个核心给不同小任务来学习和练习，要是用来跑大任务就把所有核心都用上啦。之前没加-update gpu是我把gmx2018.4的操作习惯也放到2021.6上了,在2018.4版本中不能用-update选项，不然会报错，估计是版本有点久所以没这个功能，组里换新机后觉得相比于之前快多了就很知足了就没在2021.6上尝试，让您见笑啦。刚才用gmx2021.6用Justin教程中的小分子跑了下，gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 16 -pin on -pinstride 1 -update gpu -gpu_id 0，比起单纯的gmx mdrun -v -deffnm md -ntmpi 1 -ntomp 16 -gpu_id 0快了将近百分之70，gpu占用率也从百分之67提升到了百分之89，太感谢您啦那个报错信息就是cat /var/log/cuda-installer.log显示的信息，里面显示的报错信息是-> The file '/tmp/.X0-lock' exists and appears to contain the process ID '1991' of a running X server.ERROR: You appear to be running an X server; please exit X before installing.  For further details, please see the section INSTALLING THE NVIDIA DRIVER in the README available on the Linux driver download page at www.nvidia.com.
ERROR: Installation has failed.  Please see the file '/var/log/nvidia-installer.log' for details.  You may find suggestions on fixing installation problems in the README available on the Linux driver download page at www.nvidia.com.、

看起来果然是运行着X server的原因，之前是想装ifort来着，但是看sob老师是在图形页面下操作的，跟着csdn帖子开图形页面，在nvidia-smi进程中就总是有个/usr/libexec/Xorg进程，用kill -9 xxx(pid)杀掉也总是又自动出现新进程。目前看来至少找到问题所在了，我去鼓捣一下。再次向您表示感激，受教啦！

牧生

近日，影驰4090到了，但是，4090太大了，原本机箱里面能同时装1080ti+3090，而现在只能装一个4090了。

在现有的6149 cpu情况下，跑gmx2022.5的时候，4090占用率85%左右，速度是原本3090的1.6倍速度左右。

Entropy.S.I

牧生 发表于 2023-4-28 14:44
近日，影驰4090到了，但是，4090太大了，原本机箱里面能同时装1080ti+3090，而现在只能装一个4090了。

...

http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html



另，使用PCIe延长线外置GPU即可用上另外2块GPU，此方案很便宜，且几乎没有性能损失

牧生

Entropy.S.I 发表于 2023-4-28 16:49
http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html

已经买了个拓展坞，正在路上。