求助：关于md.mdp中的部分参数设置是否合理，包括nstxout，nstcalcenergy，nstener...

liuwencheng

首先向各位老师说明，个人GMX基础有点差，傻瓜问题还多担待
为什么会遇到这个问题呢~因为我通过mmgbsa计算能量时，我想提取最后1ns的100Frame，但我发现我的轨迹文件好像最小时间间隔只能取到100ps，而没办法取到10ps。然后我回头找mdp的设置，发现问题。膜蛋白体系，均用charmmGUI构建，因此mdp也是charmmGUI自动生成的。
起始mdp设置
nstxout                 = 50000
nstvout                 = 50000
nstfout                 = 50000
nstcalcenergy           = 100
nstenergy               = 1000
nstlog                  = 1000
但是我在这里发现，我的nstenergy= 1000，按道理是可以取到10ps的，不知道为什么取不到，于是我修改了前三个参数
修改后mdp设置
nstxout                 = 5000
nstvout                 = 5000
nstfout                 = 5000
nstcalcenergy           = 100
nstenergy               = 1000
nstlog                  = 1000
修改后发现，跑出来的轨迹文件巨大，20ns已经有几十个G了，太占硬盘就没办法继续跑。这个md.mdp中参数如何设置比较合理呢，也能满足提取最后1ns的100Frame要求？感谢感谢

牧生

换个思路，你可以在最后再续跑1ns，让它输出100帧。。这也符合你的想法啊

liuwencheng

牧生 发表于 2023-3-22 21:18
换个思路，你可以在最后再续跑1ns，让它输出100帧。。这也符合你的想法啊

明白明白，感谢~