求助用什么方法可以导出超分子自组装中分子间相互作用的图？

xjw · 发表于 Post on 2023-3-22 16:39:30

各位老师好，我在做超分子的自组装，最后得到分子聚集在一起，我想知道让分子聚集在一起的作用力（即分子间作用力）。请问用什么方法可以导出分子间作用力的图啊？类似下图

xsc6 · 发表于 Post on 2023-3-23 00:44:07

1.如果考察组装过程中的弱相互作用，可以参考sob老师的博文http://sobereva.com/591，使用multiwfn做aNCl分析得到的图远比你这张好看也更加直观
2.如果想得到几个分子之间的能量，在mdp文件里定位能量组重新rerun一下就可以得到各个分子之间的相互作用能量。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-23 06:49:35

取结构已经稳定状态的一帧结构，做能量极小化，然后按下文做IGM分析，非常直观清楚，比你的图展现的信息充分得多
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）

如果结构在MD过程中是反复变化的，可以做簇分析，对容量较大的簇的代表性结构分别做能量极小化和IGM分析，从而体现不同构型下的相互作用特征。

做IGM只需要结构信息就可以。如果对质量有更高要求，建议用GFN-xTB或半经验方法做优化，然后B3LYP/6-31G*算个单点得到波函数文件，再用Multiwfn按下文做IGMH分析
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

xjw · 发表于 Post on 2023-3-23 10:10:07

sobereva 发表于 2023-3-23 06:49
取结构已经稳定状态的一帧结构，做能量极小化，然后按下文做IGM分析，非常直观清楚，比你的图展现的信息充 ...

好的，谢谢老师

xjw · 发表于 Post on 2023-3-23 10:10:41

xsc6 发表于 2023-3-23 00:44
1.如果考察组装过程中的弱相互作用，可以参考sob老师的博文http://sobereva.com/591，使用multiwfn做aNCl分 ...

嗯嗯，谢谢

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