如何从G09的输出文件导出优化后的结构成Mol2或者PDB文件？

astrozheng · 发表于 Post on 2016-6-23 17:38:56

大家好。

想问下，在用Gaussian 09 算小分子的能量后，通常输出文件里面都会有给出最后的优化后的结构。我可以使用Avogadra导入Gaussian的输出文件，然后将其优化后的结构在Avogadra里面导出成PBD或者Mol2文件。

但是，如果我有上百个小分子都需要导出优化后的结构，有没有比较好的方法（命令行）能够实现自动地处理高斯输出文件得到结构文件呢？

谢谢！

zsu007 · 发表于 Post on 2016-6-23 21:16:10

楼主这样的任务可以使用脚本调用newzmat.exe进行批处理就可以了。具体可以根据你的操作系统选择相应的脚本，如果是windows就学习dos下的for命令；如果是linux下的就学习shell编程。还有就是学习、用好newzmat.exe就可以给你的工作带来便利！
可以从本公社Sob的相关帖子里学习，根据自己任务加以修改。祝好！使用Gaussian时的几个实用脚本和命令 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=190&highlight=%BD%C5%B1%BE
从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件 http://sobereva.com/6

astrozheng · 发表于 Post on 2016-6-24 14:08:35

zsu007 发表于 2016-6-23 21:16
楼主这样的任务可以使用脚本调用newzmat.exe进行批处理就可以了。具体可以根据你的操作系统选择相应的脚本 ...

嗯嗯，谢谢！

newzmat 确实可以从checkpoint文件里面提取分子结构。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Gaussian/gview] 如何从G09的输出文件导出优化后的结构成Mol2或者PDB文件？

评分 Rate