求助各位老师，Gromacs模拟纳米包覆的建模思路

cokie

各位老师好，本人刚开始学习Gromacs，目标是先学会如何使用Gromacs来模拟纳米包覆的过程。但是建模的思路有点迷茫，想请各位老师指点迷津：

任务描述：

· 首先是实验的过程，描述如下：1. 在THF的溶液里均匀分散化合物A和化合物B；2. 在水中均匀分散包覆剂F-127； 3. 将两相混合并超声直到混合均匀，之后通过长时间磁子搅拌将THF完全挥发，得到包覆好的纳米颗粒水溶液。

· 现在想通过模拟来确认如下目标：想通过Gromacs来确认，化合物A和B是否均匀的包覆在F-127中，亦或是A和B会因为自身的pi-pi堆积在F127中的分布并不均匀。

· 我现在想了如下几种建模思路，想请各位老师研判一下哪种思路合适：
1.  建一个包含化合物A以及B的THF盒子，然后建一个包含着包覆剂的水盒子，然后把这两个盒子再混在一起；
2.  建一个包含化合物A、B、F-127的水盒子，直接跑；
3.  直接建一个真空盒子模拟包覆剂的内腔，然后加入化合物A和B来模拟即可。

sobereva

2相对靠谱

cokie

sobereva 发表于 2023-3-26 02:51
2相对靠谱

好的，感谢老师