优化中固定两个分子的相对位置和取向

wbn · 发表于 Post on 2016-6-26 04:57:28

我想计算一下两个分子之间的电子转移情况，这两个分子的相对位置是从分子模拟轨迹中随机取出。但是在激发态计算之前我想把分子稍微优化一下。因为我在分子模拟中使用的力场势能面规定的键长键角与在量子计算中的方法得到的可能有些小差别，所以在这里我只是想把键长键角之类的relax 一下，并不想寻找势能面的极小点。请问大家怎么在优化中大致固定两个分子的相对位置和取向呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-26 05:12:54

你先直接优化看看结果，优化时候用小步长上限免得一下跑到其它极小点去。
也可以考虑做限制性优化，让一些牵扯到两个分子相对角度的键角维持固定值。
或者量化分别优化单体，然后再把所得结构align进MD跑出的复合物结构中。

shalene · 发表于 Post on 2016-6-26 09:36:31

两位都在国外？

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[综合交流] 优化中固定两个分子的相对位置和取向

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