求助，想用packmol构建冰水混合物，如何添加四点水模型？

非好汉 · 发表于 Post on 2023-3-30 11:25:44

各位大佬，想请问一下，我在用packmol构建冰水混合物时，如何添加四点水模型。我先用genice构建了tip4p冰的pdb，然后不知道如何向盒子中添加四点水模型，如果先用packmol构建不带水的冰盒子再用gromacs solvate就会将整个盒子填满，没有真空区。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-3-30 13:03:27

把冰pdb文件打开，CRYSTL那一行写了盒子尺寸，把数值改大盒子尺寸就扩大了。然后用packmol往真空区里加水就好

非好汉 · 发表于 Post on 2023-3-30 16:34:03

Lacrimosa 发表于 2023-3-30 13:03
把冰pdb文件打开，CRYSTL那一行写了盒子尺寸，把数值改大盒子尺寸就扩大了。然后用packmol往真空区里加水就 ...

大佬，有个问题，把冰pdb的盒子变大，怎么用packmol加水，我没看到packmol有类似gmx solvate的功能

shadowcrystal · 发表于 Post on 2023-3-30 18:04:05

如果你要真空区，添加水之后，再用gromacs editcof 改变盒子尺寸就可以了？

非好汉 · 发表于 Post on 2023-3-30 18:42:17

shadowcrystal 发表于 2023-3-30 18:04
如果你要真空区，添加水之后，再用gromacs editcof 改变盒子尺寸就可以了？

大佬，我主要想用packmol构建一个冰水混合溶液（水中有溶质），但是我想加入四点水模型的冰和水，冰已经用genice构建了，四点水模型的水分子不知道怎么加入。
不知道可不可以先用packmol构建冰区和溶质区，然后将pdb转为gro，再用gmx solvate填充tip4p的水分子？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-3-30 19:24:07

非好汉发表于 2023-3-30 16:34
大佬，有个问题，把冰pdb的盒子变大，怎么用packmol加水，我没看到packmol有类似gmx solvate的功能

如果你不会用packmol，也可以用gmx solvate，填充完以后用VMD把加到冰里面的水分子删掉就好了

非好汉 · 发表于 Post on 2023-3-30 23:20:41

Lacrimosa 发表于 2023-3-30 19:24
如果你不会用packmol，也可以用gmx solvate，填充完以后用VMD把加到冰里面的水分子删掉就好了

大佬，packmol构建盒子时的水分子，我只知道用water.pdb，这是用高斯或者ms构建的三点水模型，但是我想加的是四点水模型，我不知道从哪加这个四点水分子模型，找了一圈没找到packmol有自带的类似gmx solvate这样的工具可以加四点水，所以想问大佬，怎么在packmol构建盒子时去加这个四点水的水分子？

牧生 · 发表于 Post on 2023-3-31 09:05:29

https://link.springer.com/article/10.1007/s10553-022-01398-0

你看一下这篇文献最后给出的支撑文件，是个压缩包，里面有所有的输入文件。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-3-31 16:11:50

非好汉发表于 2023-3-30 23:20
大佬，packmol构建盒子时的水分子，我只知道用water.pdb，这是用高斯或者ms构建的三点水模型，但是我想加 ...

你把water.pdb替换成tip4p.pdb不就好了，在gmx安装路径下有tip4p.gro, 转换成pdb用啊

非好汉 · 发表于 Post on 2023-3-31 21:34:42

Lacrimosa 发表于 2023-3-31 16:11
你把water.pdb替换成tip4p.pdb不就好了，在gmx安装路径下有tip4p.gro, 转换成pdb用啊

大佬，试过了，没有成功，tip4p.gro是个有很多分子的文件，然后去尝试只留里面的1SOL，然后用openbabel转化，转化不出来；也尝试用把water.pdb先转化为gro，然后用https://zhuanlan.zhihu.com/p/75785937里的cat water.gro |awk '{print $0;if($2=="OW"){a=$1;b=$3;c=$4;d=$5;e=$6;}if($2=="HW2")printf("%8s MW %4d%8.3f%8.3f%8.3f\n",a,b,c,d,e)}' > water4.gro，也转化不出来，可能不能直接用这个命令。现在还在思考，还请大佬再指教我一下。

非好汉 · 发表于 Post on 2023-3-31 21:52:44

牧生发表于 2023-3-31 09:05
https://link.springer.com/article/10.1007/s10553-022-01398-0

你看一下这篇文献最后给出的支撑文件， ...

大佬，我这找不到这篇文献的支持信息，去科研通求助还被说官网不存在支持信息。

牧生 · 发表于 Post on 2023-4-1 06:32:42

本帖最后由牧生于 2023-4-1 06:54 编辑

非好汉发表于 2023-3-31 21:34
大佬，试过了，没有成功，tip4p.gro是个有很多分子的文件，然后去尝试只留里面的1SOL，然后用openbabel转 ...

https://doi.org/10.5281/zenodo.6558623

知乎那个教程是对的。那个命令只能在linux使用，且总原子数不超过1万。如果想在win下使用，装个cmder使用。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-4-1 11:05:00

非好汉发表于 2023-3-31 21:34
大佬，试过了，没有成功，tip4p.gro是个有很多分子的文件，然后去尝试只留里面的1SOL，然后用openbabel转 ...

gmx editconf不就可以吗？？？建议你先把tip4p.gro转成pdb再删除其他原子

shadowcrystal · 发表于 Post on 2023-4-2 15:15:49

本帖最后由 shadowcrystal 于 2023-4-2 15:16 编辑

非好汉发表于 2023-3-30 18:42
大佬，我主要想用packmol构建一个冰水混合溶液（水中有溶质），但是我想加入四点水模型的冰和水，冰已经 ...

我是这样做的：gmx solvate -cp ice.gro -cs tip4p -radius 0.2 -p topol.top -o ice_water.gro
如果需要四点水的top文件，我放附件里了

非好汉 · 发表于 Post on 2023-4-3 17:34:10

谢谢各位大佬的指导，最终使用gromacs文件夹下的tip4p.gro（删的只剩一个SOL（即四个原子））成功了，然后使用packmol构建的模型

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