为什么把金属团簇模型放到水分子球中跑omd，最后团簇都缩在一起

TaylorS · 发表于 Post on 2023-3-31 16:30:28

第一张是跑之前的模型，第二张是跑完之后水分子球内部的团簇都缩在一起。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-31 19:26:12

是不是这个金属团簇本来就对水不稳定，或者你没有用氢饱和金属团簇的边界

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-1 09:08:13

认真把体系和计算设置交代清楚
别人连你算的体系里有什么元素都不知道，图片里连体系结构都看不清楚

TaylorS · 发表于 Post on 2023-4-3 08:52:03

sobereva 发表于 2023-4-1 09:08
认真把体系和计算设置交代清楚
别人连你算的体系里有什么元素都不知道，图片里连体系结构都看不清楚

好的sob老师。团簇是α-FeOOH。
temp = 298.15
time = 50
dump = 100.0
step = 1.0
velo = false
nvt = true
hmass = 1
shake = 0
sccacc = 2.0
这是in文件的参数设置，已经尝试过将shake改为0、1、2但都无济于事。

图中白色为H，红色为O，粉色为Fe。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-4 05:29:37

TaylorS 发表于 2023-4-3 08:52
好的sob老师。团簇是α-FeOOH。
temp = 298.15
time = 50

说明用的xtb里具体什么理论方法
只做几何优化看是否能维持住基本形态

TaylorS · 发表于 Post on 2023-4-4 15:38:22

sobereva 发表于 2023-4-4 05:29
说明用的xtb里具体什么理论方法
只做几何优化看是否能维持住基本形态

用的gfn-xtb。也尝试着不加水分子球，只对团簇做几何优化，团簇最后能够维持住基本的形态。将优化完的团簇加水分子球再去跑动力学，out文件显示md不稳定跑不出结果。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-5 06:48:53

TaylorS 发表于 2023-4-4 15:38
用的gfn-xtb。也尝试着不加水分子球，只对团簇做几何优化，团簇最后能够维持住基本的形态。将优化完的团 ...

一点点变化任务和结构，不要一次变多个条件
显然现在先应该试的是在真空下跑团簇的动力学，没问题之后再说水球的事

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