求助：成键表格势与非键表格势的应用

木贞 · 发表于 Post on 2023-4-3 17:03:17

本帖最后由木贞于 2023-4-3 17:07 编辑

我目前想做的是，比如一个氢原子我把它拆分成了氢核与一个电子，这个电子与该氢核的势函数以及其他氢核的势函数形式不一样，且势函数形式可以由我自己定义。目前我的做法是将氢核与属于该氢核的电子定义为一个分子，就可以定义氢核与电子间的键合表格势，并且此时氢核与电子就不再有非键相互作用，然后再通过定义不同粒子间的非键表格势，就能够确定氢核与不属于该核电子之间的势函数。但是在完成时遇到了困难，当我想定义非键表格势时，出现错误：

Fatal error:
atoms 1 and 2 in charge group 1 of molecule type 'HE' are in different energy groups

意思是属于同一分子的原子不能定义为不同能量组吗，那是不是就不能定义非键表格势了，是否还有其他办法实现呢。我觉得这个不应该有问题，因为水分子的能量形式也是和我的模型有一样的组成，属于同一水分子的OH之间为成键相互作用，而属于不同水分子的OH则为非键相互作用，我现在想做的无非就是通过表格势方法定义不同水分子间OH、HH、OO之间的非键势函数。
以下是我的输入文件，希望大佬解答。

H2.gro (248 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

lewis.top (886 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

grompp.mdp (2.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

木贞 · 发表于 Post on 2023-4-3 19:53:26

问题解决了，在[moleculetype]的[atom]里面把两个原子cg nr改成不一样的就可以了，也就是把同一分子里的原子设置为不同电荷组就可以了

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