求助：无法找到Pd对芳基碘氧化加成的过渡态

CuI2 · 发表于 Post on 2023-4-3 18:18:58

本帖最后由 CuI2 于 2023-4-3 18:28 编辑

各位老师好，我参考了Chem 2021, 7, 1917-1932这篇文章氧化加成的过渡态设置了我的过渡态初猜，但一直找不到合理的过渡态，并且我同时尝试过平面四方的Pd和四面体的Pd都无法收敛，请问各位老师有什么意见吗？谢谢各位老师。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-3 22:30:39

可以尝试一下ORCA的NEB方法，给出反应物复合物和产物复合物结构即可自动找过渡态

btm · 发表于 Post on 2023-4-4 13:41:02

wzkchem5 发表于 2023-4-3 22:30
可以尝试一下ORCA的NEB方法，给出反应物复合物和产物复合物结构即可自动找过渡态

老师听您描述，这种方法好像和高斯的QST2差不多，ORCA的NEB方法有什么优势吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-4 15:32:20

btm 发表于 2023-4-4 06:41
老师听您描述，这种方法好像和高斯的QST2差不多，ORCA的NEB方法有什么优势吗

QST2不在反应物和产物之间插点，QST3插一个点、但这个点的结构必须用户给定。相比之下，NEB插很多个点（大概5~10个左右），而且中间插的点无需用户指定，因此收敛概率高。
参见http://sobereva.com/44

CuI2 · 发表于 Post on 2023-4-4 18:25:58

wzkchem5 发表于 2023-4-3 22:30
可以尝试一下ORCA的NEB方法，给出反应物复合物和产物复合物结构即可自动找过渡态

谢谢老师，我去试一试，麻烦您了

CuI2 · 发表于 Post on 2023-4-5 19:45:34

谢谢各位老师，我加了一个膦配体，就立马找到了，似乎ORCA和Gaussian都认为Davephos在这个体系里面主要作为单齿配体配位。

GoldenBaby · 发表于 Post on 2023-4-6 00:12:01

CuI2 发表于 2023-4-5 19:45
谢谢各位老师，我加了一个膦配体，就立马找到了，似乎ORCA和Gaussian都认为Davephos在这个体系里面主要作为 ...

这个作为单齿配体也比较合理吧，一个连在苯环上的有位阻的胺，你觉得配位能力会很强吗？当然我没看到你的结构，具体有没有作用还是用Multiwfn做一下分析比较好。大位阻、富电子配体一般来说做反应都会比较好吧，跟有没有配位可能没有必然关系吧。

CuI2 · 发表于 Post on 2023-4-13 00:32:54

GoldenBaby 发表于 2023-4-6 00:12
这个作为单齿配体也比较合理吧，一个连在苯环上的有位阻的胺，你觉得配位能力会很强吗？当然我没看到你的 ...

好的，谢谢老师，我去试着分析一下

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