求助，在做分子动力学模拟时加位置限制后出现了较多warning，不知是否可以忽略

qingqingdong · 发表于 Post on 2023-4-4 10:49:14

本帖最后由 qingqingdong 于 2023-4-4 10:50 编辑

各位老师，我在做蛋白质-配体在金上的吸附，对金进行了位置限制，每次模拟时总出现较多warning和note，不知是否可以忽略，请老师们指教；
第二个问题：其中一个方案是研究配体在金表面，看蛋白质的动力学曲线，此方案中我将金和配体分子都加上位置限制，不知这是否合理以及可行；

第三个问题：均方根偏差（RMSD）值为多少时认为蛋白质波动较大甚至散架；

第四个问题：关于研究蛋白质特异性吸附和非特异性吸附时数据分析分析哪些特征更有意义呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-4 13:10:23

1 不用管

2 若无必要不加限制

3 肉眼判断。可以始末帧同时叠加显示

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[GROMACS] 求助，在做分子动力学模拟时加位置限制后出现了较多warning，不知是否可以忽略