TRAPPE_small力场包

3163582842 · 发表于 Post on 2024-3-13 20:56:41

请问大佬，如何写packmol能识别的trappe-small氮气分子的.pdb文件呢？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-3-14 02:19:16

3163582842 发表于 2024-3-13 20:56
请问大佬，如何写packmol能识别的trappe-small氮气分子的.pdb文件呢？

文件包里不是已经提供了各种分子的pdb格式文件么

3163582842 · 发表于 Post on 2024-3-14 17:25:24

喵星大佬发表于 2024-3-14 02:19
文件包里不是已经提供了各种分子的pdb格式文件么

大佬，这个pdb格式，packmol可以读取吗？后面想用packmol+moltemplate建模

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-3-14 17:53:22

3163582842 发表于 2024-3-14 17:25
大佬，这个pdb格式，packmol可以读取吗？后面想用packmol+moltemplate建模

标准的pdb格式为啥读取不了

3163582842 · 发表于 Post on 2024-3-14 21:52:06

喵星大佬发表于 2024-3-14 17:53
标准的pdb格式为啥读取不了

好的感谢大佬我试试去

raku · 发表于 Post on 2024-11-28 21:36:04

专业专业

raku · 发表于 Post on 2024-12-4 22:18:54

请教下大佬，在N2的itp中是否需要设置两个原子之间的[ exclusions ]，盼复，谢谢啦！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-12-5 14:56:52

raku 发表于 2024-12-4 22:18
请教下大佬，在N2的itp中是否需要设置两个原子之间的[ exclusions ]，盼复，谢谢啦！

函数类型1的constraint本来就排除了，而且我应该写了exclusions用来排除和虚拟点的

zhishidishu · 发表于 Post on 2024-12-25 10:31:36

请问下大佬，我想要模拟液氨的密度，设置盒子大小是4.5nm^3，采用npt控压1MPa，首先采用GAFF力场，计算液氨密度为850kg/m3，实验密度应为（600kg/m3），采用LINCS，计算速度大概1000ns/day，更改采用trappe-small力场，更改算法为SHAKE，液氨密度为580kg/m3接近实验值，但速度下降到大概50ns/day。
1.更改算法后这样速度正常吗？
2.如果正常，更改哪些设置可以使速度变快？
3.如果在液氨中加入有机分子，能否对其他分子设置lincs算法，单独对NH3采用SHAKE算法？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-12-25 12:25:21

shake要迭代肯定慢，没法混用不同的约束方法，但可以适当降低shake算法的误差容限

zhishidishu · 发表于 Post on 2024-12-25 15:11:41

喵星大佬发表于 2024-12-25 12:25
shake要迭代肯定慢，没法混用不同的约束方法，但可以适当降低shake算法的误差容限

感谢老师的回复，我还想再问下
1.手册上说比LINCS稍微慢一点，我这个慢了20倍，是不是太慢了？
2.还有老师您说的是更改shake-tol吗，我尝试从0.0001增大到了0.01，速度也仅从50ns/day增加到70ns/day，还有其他加速的方法吗？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-12-25 15:23:54

zhishidishu 发表于 2024-12-25 15:11
感谢老师的回复，我还想再问下
1.手册上说比LINCS稍微慢一点，我这个慢了20倍，是不是太慢了？
2.还有 ...

稍慢指的是只约束孤立键长，你这个要约束的是6个耦合的自由度，计算量本来就很大。

你可以用类似CO2的方法把氨变成3个等效质点，保证3个转动自由度的转动惯量和总质量与原分子一致，所有原子的位置放虚拟点，用SATTLE算法约束这个等边三角形

zhishidishu · 发表于 Post on 2024-12-25 17:41:51

喵星大佬发表于 2024-12-25 15:23
稍慢指的是只约束孤立键长，你这个要约束的是6个耦合的自由度，计算量本来就很大。

你可以用类似CO2的 ...

好的十分感谢老师的回复，刚接触gromacs对虚拟点相关知识不太了解，手册上看的也是一头雾水，网上有没有相关计算过程，老师能否推荐学习一下，再次感谢老师！

thor · 发表于 Post on 2025-2-3 20:12:55

喵星大佬发表于 2024-1-11 21:59
当然是0，真正在原子位置的是虚拟点，只是用来提供真实相互作用的力矩。真正用来描述质心运动和分子转动 ...

这个结果异常是指什么呢，我看到很多文章（气体分离）模拟CO2用的TraPPE力场，没有提到增加额外的虚拟质量点。

raku · 发表于 Post on 2025-3-20 19:38:45

请教老师，在使用您制作的itp和pdb模拟NH3时，
总是提示SHAKE is not supported with domain decomposition and constraints that cross
domain boundaries, use LINCS
-------------------------------
mdp设置如下：
constraints             =  none / all-bonds
constraint-algorithm    = SHAKE
continuation          = no
Shake-SOR             = yes
shake-tol             = 0.0001
-------md 命令如下-----------------
gmx mdrun -v -s be.tpr -deffnm eq -ntmpi 1 -nt 1 ；使用-ntmpi 1 和 -nt 1防止域分解
---------------------------------------
不知道这样设置还有什么不对的地方导致提示报错提示。请帮指导，谢谢！

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