AmberTools16 并行测试中某测试样例卡住

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-6-30 13:24:57

仿照 http://sobereva.com/263 安装AmberTools 16，编译了openmpi并行版本，进行并行版本测试（make test，10核）时，在如下图的这个测试中有约20分钟没有结束，CPU也没有在运行任务，后续测试不能进行。

终止测试后自己跑这个任务，在1s内结束且PASS。

这是否说明安装有问题？可否跳过这一测试看其他是否正常？

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-1 00:46:04

应该正常，就甭管那个测试了

qczgzly · 发表于 Post on 2016-11-5 21:19:54

sobereva 发表于 2016-7-1 00:46
应该正常，就甭管那个测试了

我测试AmberTools16时也出现了相同的问题，觉得应该是找不到antechamber、parmchk2等用来生成小分子力场参数的程序。安装包是从论坛里下的。不知有什么解决办法没？我安装AmberTools就是为了用这个antechamber。。

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-5 22:31:29

qczgzly 发表于 2016-11-5 21:19
我测试AmberTools16时也出现了相同的问题，觉得应该是找不到antechamber、parmchk2等用来生成小分子力场 ...

正常编译了就会出现相应可执行文件

qczgzly · 发表于 Post on 2016-11-6 10:48:50

本帖最后由 qczgzly 于 2016-11-7 13:09 编辑

sobereva 发表于 2016-11-5 22:31
正常编译了就会出现相应可执行文件

哦。谢谢Sob师兄~

今天按照手册上的说明重新操作了一遍，问题解决啦。

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[Amber] AmberTools16 并行测试中某测试样例卡住