基于Multiwfn的分子机器学习助手：MultiwfnMLhelper

不务正业化学人

老师您好，我将压缩包中的内容全部复制到包含多个.fchk文件的文件夹中，双击.exe文件后有如下报错，同时生成了一个空的csv文件，我的Multiwfn可以正常导入fchk文件，请问我如何解决~

天天121

老师您好，我再计算的时候发现有的分子会报错，有的会正常生成csv文件，请问这种情况怎么处理呢？
      ***  The 'Multiwfn_noGUIMLhelper' script (Linux) started at 2024-10-12 22:10:38  ***

Total 2 '*.input' files were found.
Using Multiwfn_noGUI to calculate various descriptors...

[#########################-------------------------] 50.00% (     1 /      2)
[##################################################] 100.00% (     2 /      2)

Error: not enough values to unpack (expected 4, got 2)
Note that: (1) The "isilent= 1" MUST be set in the settings.ini of Multiwfn_noGUI.
           (2) Multiwfn_noGUI can be DIRECTLY called by using the "Multiwfn_noGUI" command.

      ***  The 'Multiwfn_noGUIMLhelper' script (Linux) terminated at 2024-10-12 22:39:34  ***

>> Elapsed time:  0 day(s)  0 hour(s) 28 minute(s) 55.96 second(s) <<

天天121

Roderick07 发表于 2024-4-15 11:16
问题已解决，我自己没有设置好相关参数

同学请问您这个问题是如何解决的 我也遇到这个问题了
Total 2 '*.input' files were found.
Using Multiwfn_noGUI to calculate various descriptors...

[#########################-------------------------] 50.00% (     1 /      2)
[##################################################] 100.00% (     2 /      2)

Error: not enough values to unpack (expected 4, got 2)

liu1216081301

向各位大神学习，不断进步

yumingsuxmu

看报错应该是在这里设置，具体应该查查Multiwfn手册了解一下，很快会有新的程序出来

天天121

yumingsuxmu 发表于 2024-10-17 08:53
看报错应该是在这里设置，具体应该查查Multiwfn手册了解一下，很快会有新的程序出来

十分感谢你的回复，我把Multiwfn重新装了一下不知道能不能行，期待您的新程序！

QiuQian

老师您好，这个一个fchk文件运行的时间大概是多少合适，感觉等了好久

yumingsuxmu

不应该超过一个小时，加入一个小分子在正常电脑的话

非洲黑炭

你好 ！想请问下计算后 只有txt输出文件，没有描述符信息汇总是为啥

sjkcn

liyuanhe211 发表于 2023-4-12 11:41
帮楼主列一下脚本能提取出哪些描述符：

老师，我想问下。Ionization energy, electron affinity, hardness, electronegativity, electrophilicity 这些对应您代码的哪个参数

Whitedwarf

整理了一下提取的描述符的单位，不知道是否匹配
基本分子信息
1. 原子数量 (atom_num) 无单位
2. 分子量 (weight) Da
3. HOMO能量和轨道编号 (homo, homo_number) energy: a.u.
4. LUMO能量 (lumo) energy: a.u.  
5. HOMO-LUMO能隙 (homo_lumo_gap) a.u.
轨道离域化指数 (ODI)
6-9. ODI值 (odi_homo_1, odi_homo, odi_lumo, odi_lumoadd1) 无单位
分子形状参数
10. 最远距离 (farthest_distance) Angstrom
11. 分子半径 (mol_radius) Angstrom
12. 分子三边长度 (mol_size) Angstrom
13. 分子平面度参数 (mpp) Angstrom
14. 平面偏差跨度 (sdp) Angstrom
15. 偶极矩 (dipole_moment)  Debye
16. 四极矩 (quadrupole_moment) e·a₀²
17. 八极矩 (octopole_moment) e·a₀3
18. 体积 (volume) Bohr^3
19. 密度 (density) g/cm^3
20. ESP最小值和最大值 (espmin, espmax) kcal/mol
21. 整体表面积 (overall_surf_area) Bohr^2
22. 正表面积 (pos_surf_area) Bohr^2
23. 负表面积 (neg_surf_area) Bohr^2
24. 整体平均值 (overall_ave) a.u.
25. 正平均值 (pos_ave) a.u.
26. 负平均值 (neg_ave) a.u.
27. 整体方差 (Over_var) a.u.^2
28. 电荷平衡 (nu) 无单位
29. 内部电荷分离 (Pi) a.u.
30. 分子极性指数 (MPI) eV
31. 非极性表面积比例 (nonpolar_area) %
32. 极性表面积比例 (polar_area) %
33. ALIE最小值和最大值 (aliemin, aliemax) eV
34. ALIE平均值 (alie_ave) a.u.
35. ALIE方差 (alie_var) a.u.^2
36. LEA最小值和最大值 (leamin, leamax) eV
37. LEA平均值 (lea_ave) a.u.
38. LEA方差 (lea_var) a.u.^2

facia

你好，请问这个exe文件是不是没有办法直接生成CSV表格呀？我使用exe文件只生成了txt文件

〇66

sobereva 发表于 2023-4-12 11:42
我已把此文链接加入此帖了
Multiwfn可以计算的分子描述符一览
http://sobereva.com/601（http://bbs.kein ...

感谢卢老师和楼上老师的整理，我这里还想请教一下，每个描述符都是英文字母，可能不太清楚他的物理意义是什么，想要具体了解的话，有没有一个简便的形式可以看到他对应解释的链接。比如16. Mol_Size_2这个描述符，我在这个帖子中对应的每个帖子和multiwfn手册中进行检索还是没找到，查找起来也比较麻烦一点。问问有没有什么简便的方式能一下知道对应描述符多物理意义或者解释，谢谢老师。

sobereva

〇66 发表于 2025-10-18 17:29
感谢卢老师和楼上老师的整理，我这里还想请教一下，每个描述符都是英文字母，可能不太清楚他的物理意义是 ...

我的博文里有，手册里也有
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426（http://bbs.keinsci.com/thread-10226-1-1.html）

下文也提到了
Multiwfn可以计算的分子描述符一览
http://sobereva.com/601（http://bbs.keinsci.com/thread-23729-1-1.html）

Multiwfn能计算分子的长、宽、高，见《使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴》（http://sobereva.com/426）。

〇66

sobereva 发表于 2025-10-19 05:39
我的博文里有，手册里也有
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426 ...

是的老师，我是在这个帖子http://sobereva.com/426和手册里ctrl+F搜索“Mol_Size_2”这个关键词，但是没有找到对应的地方。想着后续其他描述符在不知道物理意义的情况下，查找起来可能不是很方便。谢谢您的回复。