求助：Gaussian优化有机物分子结构，和文献中结构不一样是正常的吗

lyrrrrr · 发表于 Post on 2023-4-12 19:28:09

本帖最后由 lyrrrrr 于 2023-4-12 19:35 编辑

新手小白求助：和文献中对同一分子磺胺甲恶唑利用Gaussian进行结构优化，初始构型利用Chem3D进行绘制，通过Gaussian b3lyp-d3/6-31g(d)优化后，和文献中的构型完全不一样，尝试利用chem3D中MM2预优化与不利用MM2预优化构型得到的结果一样，已收敛，但与文献有很大区别，找不到原因

所以在下作为计算机新手属实是不会弄也不知如何寻找解决之道，各位大佬有没有什么解决方案或者建议？请不吝赐教

输入文件：
%nprocshared=4
%chk=D:\SMX\20230411-SMX-6-31Gd\SMX-opt.chk
%mem=1GB
# opt freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=water)

SMX-opt

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sobereva · 发表于 Post on 2023-4-12 20:09:10

要有构象搜索的概念
看这些了解常识和构象搜索做法

构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

Kmetsch · 发表于 Post on 2023-4-12 20:20:53

单从你的输入文件里好像没看到gd3bj，不过这个结构可能影响不大

lyrrrrr · 发表于 Post on 2023-4-13 09:57:13

sobereva 发表于 2023-4-12 20:09
要有构象搜索的概念
看这些了解常识和构象搜索做法

谢谢sobereva老师，确实是我的基础构型有问题（虽然我还是没看出来问题在哪里），目前利用mol文件进行计算后已没问题。

lyrrrrr · 发表于 Post on 2023-4-13 10:00:43

Kmetsch 发表于 2023-4-12 20:20
单从你的输入文件里好像没看到gd3bj，不过这个结构可能影响不大

谢谢Kmetsch老师，已经解决啦

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