orca在超算计算时报错问题

JefferSon · 发表于 Post on 2023-4-12 19:28:36

本帖最后由 JefferSon 于 2023-4-12 19:35 编辑

sob老师和各位老师同学好，

我在用orca计算一个两个单体堆叠下的荧光激发，在算最后频率的时候，总是会报错（20971），所以想向大家求助一下。我是使用sbatch提交作业的，orca的out文件没有输出就停止了，而slurm报错如下。我之前认为是内存超限了，但是超算工程师说并没有，内存甚至没用满。

再次感谢大家的帮助，祝大家工作顺利！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-12 20:15:01

qcmatstore.cpp报错，一般意味着硬盘写满了，或硬盘出了其他问题

JefferSon · 发表于 Post on 2023-4-12 21:33:09

wzkchem5 发表于 2023-4-12 20:15
qcmatstore.cpp报错，一般意味着硬盘写满了，或硬盘出了其他问题

感谢老师，但是我之前用自己的服务器算的时候，我服务器还有800G，但是它算到494G就报错了，然后我才换超算，也是494G报错，这个无法读取文件。谢谢老师的答疑解惑，祝工作顺利！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-12 22:39:24

JefferSon 发表于 2023-4-12 14:33
感谢老师，但是我之前用自己的服务器算的时候，我服务器还有800G，但是它算到494G就报错了，然后我才换超 ...

“算到494G”是用了494G还是剩余空间494G？
此外注意orca一个计算一般只能用同一个硬盘分区的空间，所以应该看当前硬盘分区的可用空间，而不是总可用空间

JefferSon · 发表于 Post on 2023-4-12 23:08:58

wzkchem5 发表于 2023-4-12 22:39
“算到494G”是用了494G还是剩余空间494G？
此外注意orca一个计算一般只能用同一个硬盘分区的空间，所以 ...

谢谢老师，确实是的，硬盘满了，感谢老师的指导！

JefferSon · 发表于 Post on 2023-4-23 06:33:12

wzkchem5 发表于 2023-4-12 22:39
“算到494G”是用了494G还是剩余空间494G？
此外注意orca一个计算一般只能用同一个硬盘分区的空间，所以 ...

老师好，我又试了几台服务器，由于计算量太大了，还是存在会有计算中断的情况，在最后算频率的时候，我想请问一下orca可以续算吗，td激发情况下，我发现对于最终输出的文件仅仅只是缺少hess文件，那我是否可以拿已有的xyz，用这个结构跑一次freq直接得到他的hess用呢，谢谢老师！祝工作顺利！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-23 15:03:20

JefferSon 发表于 2023-4-22 23:33
老师好，我又试了几台服务器，由于计算量太大了，还是存在会有计算中断的情况，在最后算频率的时候，我想 ...

只有在结构优化正常收敛的情况下，可以只重算freq。“仅仅只是缺少hess文件”这个条件不够
数值频率计算可以断点续算（也就是数值频率如果算到一半中断了，不用从头开始算），方法是在%freq里面用restart关键词，具体写法自己在手册里搜

JefferSon · 发表于 Post on 2023-4-23 21:16:01

wzkchem5 发表于 2023-4-23 15:03
只有在结构优化正常收敛的情况下，可以只重算freq。“仅仅只是缺少hess文件”这个条件不够
数值频率计算 ...

好的谢谢老师！

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