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[综合交流] 对martini力场中beta-strand骨架粒子类型定义的一点疑问

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Marrink大神在将Martini力场应用到蛋白质时,规定肽链骨架粒子类型要根据其二级结构来决定,如表1所示。我们不考虑Gly,Ala和Pro三个特殊情况,只看标黄部分,泛指其他氨基酸的helix和beta-strand。
Martini力场中N类型粒子分为四个子类Nda Nd Na 和N0,其中:d 代表氢键供体; a 代表氢键受体;da代表既是氢键供体又是氢键受体;0代表既不是氢键供体也不是氢键受体。


从表中我们可以看到helix骨架主体部分为N0, 氮端为Nd,碳端为Na。我的理解是:骨架主体部分已经形成了氢键,不再具有形成氢键的能力,所以为N0;氮端有裸露的NH,所以是Nd;碳端有裸露的C=O,所以是Na。


但是按照上述思路理解beta-strand时候,存在这样一个问题:图1中标号为1的残基具有裸露的NH和C=O,其骨架粒子定义为Nda没有问题,但是标号为2的残基,其骨架粒子已经形成了氢键,那么此时还可以定义为Nda类型吗,不是应该定义为N0类型吗?




martini力场中肽链骨架粒子类型.jpg (30.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 59)

表1

表1

beta-sheet.gif (100.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

图1

图1
一程山水一程歌

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