求助gmx insert molecules分子插不进去

lyyying

我构建了一个均质膜，想要在膜上的水层插入一个小分子，用gmx insert molecule命令，gmx insert-molecules -f step5_input.gro -ci molecule.pdb -ip position.dat -o complex.gro -replace -nmol 1 -try 100000
但是系统返回：Try 100000
Added 0 molecules (out of 1 requested)
Replaced 10983 residues (32949 atoms)
Writing generated configuration to complex.gro
打开gro文件发现确实没有插进去，这是为什么？

Acee

插不进去很正常，gmx insert-molecule是按照分子的vdw半径判断有没有空间可以插入的。即便你用了后面一长串内容，什么-ip，-replace什么的，也未必解决的了问题。

一个简单的思路就是，你预先把这个分子放到一个和你膜体系一样大的盒子里面中的理想位置（比如膜上的水层里）。生成一个新的gro，然后再把新的gro和你的膜体系合并。这样分子自然就加进去了。

lyyying

Acee 发表于 2023-4-14 10:02
插不进去很正常，gmx insert-molecule是按照分子的vdw半径判断有没有空间可以插入的。即便你用了后面一长串 ...

谢谢您的解答~我的分子是用charmm-gui直接生成的，已经有相应的盒子了，意思是我再将这个盒子放到更大的盒子的位置上进行合并吗？

lMiraclel

可以在insert-molecular时先设置-box 盒子大小，直至分子插进去后，再重新editconf设定体系盒子。

熊小熊

可以先把水分子去除，然后插入你的分子，最后重新添加水分子。

臧臧

Acee 发表于 2023-4-14 10:02
插不进去很正常，gmx insert-molecule是按照分子的vdw半径判断有没有空间可以插入的。即便你用了后面一长串 ...

Acee老师您好，请问合并体系该如何操作呢？我尝试直接修改gro文件，在VMD中直接打不开

wanzongliang

臧臧 发表于 2023-11-22 19:02
Acee老师您好，请问合并体系该如何操作呢？我尝试直接修改gro文件，在VMD中直接打不开

很可能的原因是你gro文件格式没搞清楚，写的不对，就算你插入的位置出现原子挨得过近，也不妨碍VMD的显示