请教小分子跨膜运输伞形采样窗口模拟问题

熊小熊 · 发表于 Post on 2023-4-15 19:49:59

大家好，我想请教一下小分子跨膜运输过程中通过伞形采样计算过膜PMF中所遇到的问题。在对一个采样窗口进行模拟时，首先将窗口conf2.gro进行了1ns的NPT平衡,得到npt2.gro，然后进行6ns的模拟得到umbrella2.gro 。出现了一个情况就是得到的三个坐标文件中，小分子的位置出现了较大的位移，计算后小分子位置与采样结构时的位置完全不一样，如图所示，将三个结构放在一起。我想问出现这种情况是中正常的吗？如果有问题，问题出现在那儿呢？

Acee · 发表于 Post on 2023-4-17 09:06:02

本帖最后由 Acee 于 2023-4-17 09:07 编辑

正常的，因为一开始pull过程，把你这个分子拉到了高势能状态。你单独把这个conf拿来做ubias模拟，体系自然就会像周围低势能状态运动

熊小熊 · 发表于 Post on 2023-4-17 09:45:12

Acee 发表于 2023-4-17 09:06
正常的，因为一开始pull过程，把你这个分子拉到了高势能状态。你单独把这个conf拿来做ubias模拟，体系自然 ...

好勒，感谢，如果这样的话，窗口距离就和采样时的距离出现偏移了阿，这种情况只有增加采样呗。

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