蛋白质--多肽模拟中的色散校正问题

Little-LL · 发表于 Post on 2023-4-19 11:19:06

老师您好，我在做蛋白--多肽模拟的时候没加色散校正，请问对结果的影响会很大吗

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-4-19 11:48:00

力场里的LJ不是用来描述色散的？

Little-LL · 发表于 Post on 2023-4-19 12:43:15

我是第一次接触MD模拟，很多东西还不了解，那请问我的mdp文件中设置的是DispCorr = no，这样对结果影响大吗？我是用的gromacs做的

k64_cc · 发表于 Post on 2023-4-19 14:07:40

如果要算自由能一类的东西，且在NPT下做，那影响大。

如果只是想看动画，或者只是做了NVT，那可以不管。

Little-LL · 发表于 Post on 2023-4-19 14:40:41

k64_cc 发表于 2023-4-19 14:07
如果要算自由能一类的东西，且在NPT下做，那影响大。

如果只是想看动画，或者只是做了NVT，那可以不管。

那请问做蛋白这一类的大分子模拟，是必须要加上色散校正吗（特殊说明的力场除外）

Little-LL · 发表于 Post on 2023-4-19 15:28:48

还有个问题，在做蛋白-多肽模拟时，当DispCorr = no时，体系的稳定性和结合力都比DispCorr=EnerPres时要好，这种情况应该怎么办呢（力场使用的是amber力场）

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-20 04:51:50

Little-LL 发表于 2023-4-19 14:40
那请问做蛋白这一类的大分子模拟，是必须要加上色散校正吗（特殊说明的力场除外）

先自觉说清楚研究目的

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