计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2121|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] gmx rdf可以计算局部质心之间的径向分布函数吗?

[复制链接 Copy URL]

43

帖子

0

威望

831

eV
积分
874

Level 4 (黑子)

各位老师好,我想通过gromacs计算类似下图选中的芳环质心的径向分布函数,可以通过gmx rdf实现吗?我知道gmx rdf加上-seltype mol_com可以计算整个分子质心的rdf,-seltype中有类似这种计算局部质心的选项吗?

芳环质心.png (98.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

芳环质心.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-4-20 04:57:07 | 只看该作者 Only view this author
如果体系里就一个这种分子,选择语句里根据原子名或原子序号选中那部分就行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

43

帖子

0

威望

831

eV
积分
874

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-20 08:49:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-20 04:57
如果体系里就一个这种分子,选择语句里根据原子名或原子序号选中那部分就行

如果有很多个这种分子,是不是就没法计算了?

15

帖子

0

威望

614

eV
积分
629

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2023-4-20 09:20:21 | 只看该作者 Only view this author
itp里面单独编辑成一个残基

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2023-4-21 03:05:20 | 只看该作者 Only view this author
xinyanli 发表于 2023-4-20 08:49
如果有很多个这种分子,是不是就没法计算了?

一种是4L的方法,结合res_com
另一种是自己写个脚本,循环调用gmx rdf计算各个分子的那个部分,最后把rdf取平均
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

43

帖子

0

威望

831

eV
积分
874

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-21 08:57:12 | 只看该作者 Only view this author
danyj 发表于 2023-4-20 09:20
itp里面单独编辑成一个残基

好的,谢谢

43

帖子

0

威望

831

eV
积分
874

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-21 08:57:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-21 03:05
一种是4L的方法,结合res_com
另一种是自己写个脚本,循环调用gmx rdf计算各个分子的那个部分,最后把rd ...

好的,谢谢

55

帖子

0

威望

195

eV
积分
250

Level 3 能力者

8#
发表于 Post on 2023-9-15 09:51:54 | 只看该作者 Only view this author
danyj 发表于 2023-4-20 09:20
itp里面单独编辑成一个残基

您好,我想问一下单独把芳香环编辑成一个残基要怎么操作呀,哪里有教程之类的嘛,感谢

15

帖子

0

威望

614

eV
积分
629

Level 4 (黑子)

9#
发表于 Post on 2023-10-10 16:23:05 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2023-9-15 09:51
您好,我想问一下单独把芳香环编辑成一个残基要怎么操作呀,哪里有教程之类的嘛,感谢

把itp里对应原子的残基名手动改一下,之后重新生成下gro和tpr就可以拿去算rdf了

7

帖子

0

威望

41

eV
积分
48

Level 2 能力者

10#
发表于 Post on 2024-1-21 15:48:35 | 只看该作者 Only view this author
gmx rdf -f trajout.xtc -s md2.tpr -n index.ndx -ref 'com of group 1’ -sel 'com of group 2 -selrpos whole_mol_com -bin 0.03
可以么

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 11:48 , Processed in 0.206744 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list