求助gromacs在不同的md 模拟参数下得到的轨迹能否合并？

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-4-22 19:39:51

各位友友和大佬们，想请教一下gromacs在不同的md 模拟参数下得到的轨迹能否合并？（比如我想在0-5s 想添加一个5V的电场，5-10 s 无电场）如果能合并，在计算msd的时候-s 时应该用哪个.tpr

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-23 08:01:18

0-5s 是什么？怎么可能模拟到秒的时间尺度？

只要原子数一致，靠trjcat总能合并，有没有意义另谈

当前情况合并我看不出有任何意义

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-4-24 08:50:32

sobereva 发表于 2023-4-23 08:01
0-5s 是什么？怎么可能模拟到秒的时间尺度？

只要原子数一致，靠trjcat总能合并，有没有意义另谈

不好意思啊，老师，描述的有点不准确，原子数是确定的，只改变了模拟参数。我想跑个10ns的，500ps为一个时间段，0-500ps内想添加0.2V的电场，500-1000ps 没有电场，然后就一直按这个继续跑到10ns，这样就会得到20 段轨迹，因为想看整体的msd，所以想问问这种情况下合并能不能行

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-25 00:22:10

打豆豆的灰鸭发表于 2023-4-24 08:50
不好意思啊，老师，描述的有点不准确，原子数是确定的，只改变了模拟参数。我想跑个10ns的，500ps为一个 ...

msd通常是对平衡状态的体系计算的，你的整个过程是非平衡过程，算整体的MSD我看不出有多大意义

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-4-25 19:02:34

sobereva 发表于 2023-4-25 00:22
msd通常是对平衡状态的体系计算的，你的整个过程是非平衡过程，算整体的MSD我看不出有多大意义

谢谢老师的回复，因为从文献中看到图片里的脉冲电流，就想能不能通过改变外电场得到一个脉冲的效果。所以产生了上面的疑问，在进行md之前，我对体系进行了em,nvt,npt这些过程，且这些过程的.mdp文件中不含电场这一参数，我是在最后的md.mdp文件中添加了外电场（之所以在最后加外电场，是考虑了体系是处于平衡的状态了），然后就有了上面的想法。
第一步，在npt 平衡后创建了含有0.2 V 外电场的md.mdp,跑出来第一段轨迹。第二步，在第一次结构文件的基础上，跑了外电场为0 的轨迹。现在对于我这个做法算不算是脉冲存在疑惑，总感觉不太合理。谢谢sob老师耐心的解答，刚学习gromacs不久，仍存在很多问题。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-26 03:03:45

打豆豆的灰鸭发表于 2023-4-25 19:02
谢谢老师的回复，因为从文献中看到图片里的脉冲电流，就想能不能通过改变外电场得到一个脉冲的效果。所以 ...

如果你的目的是对施加了周期性脉冲的体系算MSD，组合后对整个轨迹算msd可以。gmx msd的-s用哪个都一样

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2023-4-26 08:45:19

sobereva 发表于 2023-4-26 03:03
如果你的目的是对施加了周期性脉冲的体系算MSD，组合后对整个轨迹算msd可以。gmx msd的-s用哪个都一样

谢谢sob老师

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