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[GROMACS] N端乙酰化,C端酰胺化后如何生成gromacs的top文件

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如题,准备跑一个多肽自组装的分子动力学模拟,力场使用 CharmM 27 all-atom force field,但是N端乙酰化,C端酰胺化处理后,因为没有相应的力场参数,没法生成top文件。请问大家这种情况该怎么处理,谢谢大家。

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发表于 Post on 2023-4-24 03:14:37 | 只看该作者 Only view this author
用AMBER力场,GROMACS自带的AMBER力场目录下的aminoacids.rtp里直接就有[ ACE ]和[ NME ],都用不着自己定义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-6-25 09:44:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-24 03:14
用AMBER力场,GROMACS自带的AMBER力场目录下的aminoacids.rtp里直接就有[ ACE ]和[ NME ],都用不着自己定 ...

sob老师您好,我目前研究的体系是需要使用charmm力场的,想问一下在这种情况下需要如何做去生成已经c端酰胺化多肽的拓扑文件?

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发表于 Post on 2024-6-26 01:57:40 | 只看该作者 Only view this author
1367 发表于 2024-6-25 09:44
sob老师您好,我目前研究的体系是需要使用charmm力场的,想问一下在这种情况下需要如何做去生成已经c端酰 ...

在我所知范围内,没有什么情况是非得用CHARMM不可而不能被AMBER代替的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-6-28 11:30:52 | 只看该作者 Only view this author
charmm-gui网站也可以的,直接使用鼠标点一点就可以生成参数,而且支持N端乙酰化,C端酰胺化

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