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[新手求助] 结构优化结束不合理,苯环扭曲严重

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老师们好,我最近在做苯环嵌锂的优化,就是先把锂离子放在嵌锂位点,优化结构。有时候能收敛,但是结构变的很乱,
可以在优化点中选取一个合理结构做个频率分析,没有虚频的话,然后就用这个合理的结构吗?

还有就是计算金属有机配位化合物的ESP,可以不优化,直接算单晶结构的单点,然后用vmd绘制ESP吗

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发表于 Post on 2023-4-24 11:20:38 | 只看该作者 Only view this author
用的什么计算级别呢?如果初始结构非常非常不合理,会导致优化失败,或者优化出一个仍然不合理的结构?你要把信息描述清楚,不然大家都不知道你到底在用什么,干什么
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2023-4-24 12:13:23 | 只看该作者 Only view this author
“在优化点中选取一个合理结构做个频率分析,没有虚频的话,然后就用这个合理的结构“”是造假
计算小白 水平很菜
随时可喷 万望指点

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-24 14:18:56 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-4-24 11:20
用的什么计算级别呢?如果初始结构非常非常不合理,会导致优化失败,或者优化出一个仍然不合理的结构?你要 ...

用的是m06/6-31g(d)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-24 14:19:54 | 只看该作者 Only view this author
WaterMirror 发表于 2023-4-24 12:13
“在优化点中选取一个合理结构做个频率分析,没有虚频的话,然后就用这个合理的结构“”是造假

我是看有一个问答下面给出的这样的解决方案,不知道是造假,感谢提醒

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-24 14:22:54 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-4-24 11:20
用的什么计算级别呢?如果初始结构非常非常不合理,会导致优化失败,或者优化出一个仍然不合理的结构?你要 ...

结构不管怎么调整,计算结束都是歪七扭八的构型,跟最初的单晶构型差了超级多。主要是做对构型的优化,一直拿不到合理的结构

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发表于 Post on 2023-4-24 14:24:04 | 只看该作者 Only view this author
请贴出完整的输入输出文件
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-24 14:45:57 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2023-4-24 14:24
请贴出完整的输入输出文件

老师,这个结构还没有发表,是新结构,所以可能不好贴出来

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发表于 Post on 2023-4-24 20:28:29 | 只看该作者 Only view this author
没完整输入输出文件根本没法说,如果不肯提供,别人没法准确回答,有没有什么计算上的硬伤别人都无从得知。撑死了告诉你你用的关键词是否合理(前提是你把关键词给完整)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-4-24 21:33:06 | 只看该作者 Only view this author
Kristen0223 发表于 2023-4-24 14:45
老师,这个结构还没有发表,是新结构,所以可能不好贴出来

“苯环嵌锂”,这个描述就很魔幻,是一个苯分子和一个Li+,还是夹心化合物,还是你的一堆结构里有个苯环和一个Li+,还是苯环挖掉了个碳原子塞进去一个Li,还是什么东西?

天马行空地搭一个结构当然是新的,建的模和想算的都未必能对的上/未必有意义,就不要问问题的时候把整个论坛的人都放在会偷你idea的道德低地上。

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发表于 Post on 2023-4-25 04:11:19 | 只看该作者 Only view this author
Kristen0223 发表于 2023-4-24 07:19
我是看有一个问答下面给出的这样的解决方案,不知道是造假,感谢提醒

优化的结构可以用的条件是【结构满足收敛条件】且【无虚频】(还要再加一个确定当前计算的构象具有代表性,不过暂时不管这条)。很多帖子默认大家都知道前者,所以只讲后者。结果极个别缺乏常识的人就以为只要没有虚频就行了,不需要当前结构满足收敛条件,但这样是大错特错。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-27 19:45:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Kristen0223 于 2023-4-27 19:53 编辑
Kalinite 发表于 2023-4-24 21:33
“苯环嵌锂”,这个描述就很魔幻,是一个苯分子和一个Li+,还是夹心化合物,还是你的一堆结构里有个苯环 ...

不是自己瞎想的结构,是自己合成的结构,单晶解析出来的,并没有觉得别人会偷我的idea。只是没有发表过,辛苦合成的结构确实不适合发出来,苯环嵌锂是有机锂电池嵌锂经常研究的,可以参考石墨嵌锂机理。我本来就是计算新人,不想回答可以不答,没必要这样。我从来没说别人会偷我的idea。也没有说过整个论坛怎么样,别给我安帽子,谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-27 19:49:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-24 20:28
没完整输入输出文件根本没法说,如果不肯提供,别人没法准确回答,有没有什么计算上的硬伤别人都无从得知。 ...

好的,谢谢老师,从大家的提醒中我知道要先满足收敛条件,我可能水平太浅,差距很大,线下找老师请教吧。非常感谢

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发表于 Post on 2023-4-27 20:17:11 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2023-4-24 21:33
“苯环嵌锂”,这个描述就很魔幻,是一个苯分子和一个Li+,还是夹心化合物,还是你的一堆结构里有个苯环 ...

Metallabenzene了解下

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发表于 Post on 2023-4-27 20:28:26 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2023-4-27 13:17
Metallabenzene了解下

但那种应该叫金属杂苯环,而非苯环嵌金属。嵌锂我感觉一般指的是石墨的层和层之间插锂的那种
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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