蛋白质分子动力学模拟一段时间后跑散了

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2023-4-25 11:30:56

本人用gromacs软件运行了100纳秒的某蛋白10聚体+小分子动力学模拟，发现蛋白在前50纳秒保持初始构型，RMSD值保持稳定；而在50纳秒后有两条多肽链跑散了，蛋白RMSD变得很大；请问各位大佬造成这种现象的原因是什么呢？是否与搭建体系时的蛋白搭建有关（该蛋白的Cryo-EM解析结构为6聚体，本人在该6聚体基础上复制四条多肽链构成10聚体）？还是与采用的模拟盒子有关（本人使用的长方体模拟盒子，模拟后发现蛋白有部分跑出了盒子）？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-4-25 23:18:41

你先trjconv -pbc nojump

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-26 06:25:05

老生常谈的问题
仔细看
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2023-4-27 11:36:11

sobereva 发表于 2023-4-26 06:25
老生常谈的问题
仔细看
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

知道怎么解决了，谢谢sob大佬！

大拇哥 · 发表于 Post on 2023-8-16 18:43:48

我的模拟之后也是这种情况，请问您是怎么解决的呢？

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2024-3-8 14:59:38

大拇哥发表于 2023-8-16 18:43
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

看sob老师的回复，跟着操作就可以了

hf.li · 发表于 Post on 2024-3-12 09:44:47

jiaxing6821 发表于 2024-3-8 14:59
看sob老师的回复，跟着操作就可以了

挺好奇的，可以详细讲一下吗，脱落后你接着模拟了还是

jiaxing6821 · 发表于 Post on 2024-3-14 11:21:50

hf.li 发表于 2024-3-12 09:44
挺好奇的，可以详细讲一下吗，脱落后你接着模拟了还是

脱落后轨迹就没法处理了，，如果脱落的话就得重新搭体系，按照sob老师的方法就不会有脱落的情况了

linhan · 发表于 Post on 2024-10-25 16:35:17

jiaxing6821 发表于 2024-3-14 11:21
脱落后轨迹就没法处理了，，如果脱落的话就得重新搭体系，按照sob老师的方法就不会有脱落的情况了

你好，我不是很懂是什么方法，可以具体描述一下吗，你不是最后体系中解离了吗，最后是怎么操作的呢？

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[GROMACS] 蛋白质分子动力学模拟一段时间后跑散了