关于使用WHAM处理lammps+colvars得到的伞形采样数据

秋心 · 发表于 Post on 2023-4-25 22:05:32

各位老师好，我最近在学习使用lammps+colvars伞形采样重构反应的势能面，在学习使用WHAM后处理分析的时候遇到了点问题。使用./wham 2.55 3.60 100 1e-8 300 0 metadata.dat pmf.data 这条命令得到了图一和图二的结果，但是苦于对WHAM的原理不是很明白，不知道接下来该如何得到图三的结果（得到图三是为了看每个窗口之间重叠性怎么样，也就是为了判断采样是否充分）以及如何得到相应的自由能曲线（图四）。希望各位老师不吝赐教，万分感谢！

zgdong · 发表于 Post on 2023-7-10 00:09:45

您好，可以给我分享一下您的输入文件怎么写的吗，我想对照着学一下

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