自由基氢转移过渡态的合理性问题

MrMr浩 · 发表于 Post on 2023-4-26 16:22:50

各位好，我在用G16做一个氢转移的过渡态，是自由基反应，优化级别为M06-2X-D3/def-TZVP，优化出来的虚频方向基本合理，IRC也能够跑通，是连接反应两边的结构，但是审稿人对我的过渡态的键长、虚频方向提出质疑，他觉得这个过渡态不合理，想请教一下各位这个该怎么考虑（附件中是我的优化和IRC的输出文件）

一颗赛艇 · 发表于 Post on 2023-4-26 17:58:12

本帖最后由一颗赛艇于 2023-4-26 18:02 编辑

你的TS-1* 是对的。

至于TS-1的问题……我怀疑这个自由基的氢转移本身是无势垒的，这个过渡态的只是dioxane构像翻转的过渡态，紧接着自由基氢转移

dnlx · 发表于 Post on 2023-4-26 21:05:14

可以做一下每个反应的能量图，看看后一个过渡态的能量是不是很接近于氢在碳上的情况（Hammond原理）

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-27 00:31:11

如果你之前的文章里没给出IRC的图，把IRC图放到SI里，对其中一些关键的点附上结构图，然后让审稿人看。IRC都跑通了，没什么可说的了

MrMr浩 · 发表于 Post on 2023-4-27 14:39:56

一颗赛艇发表于 2023-4-26 17:58
你的TS-1* 是对的。

至于TS-1的问题……我怀疑这个自由基的氢转移本身是无势垒的，这个过渡态的只是diox ...

谢谢您，可是我发现这个TS-1的IRC似乎没有dioxane的构象翻转

MrMr浩 · 发表于 Post on 2023-4-27 14:40:30

dnlx 发表于 2023-4-26 21:05
可以做一下每个反应的能量图，看看后一个过渡态的能量是不是很接近于氢在碳上的情况（Hammond原理）

有做能量，TS的能量跟前后的中间体都差了一二十kcal/mol

AndrewX · 发表于 Post on 2023-4-27 14:41:11

插楼问一个小白的问题，用GaussView打开就是这个，请问是怎么实现的？可以看看输入文件怎么写的吗

MrMr浩 · 发表于 Post on 2023-4-27 14:41:53

sobereva 发表于 2023-4-27 00:31
如果你之前的文章里没给出IRC的图，把IRC图放到SI里，对其中一些关键的点附上结构图，然后让审稿人看。IRC ...

之前就有在SI里放IRC的图，也把结构和虚频的方向放进去，但是这个审稿人还是在质疑，还说我的虚频是个什么rocking motion（不太懂这个rocking motion是个什么情况），总之就是让我解释这个虚频还有过渡态的键长问题

MrMr浩 · 发表于 Post on 2023-4-27 15:45:46

AndrewX 发表于 2023-4-27 14:41
插楼问一个小白的问题，用GaussView打开就是这个，请问是怎么实现的？可以看看输入文件怎么写的吗

我是通过link，在一个gjf文件里设置了两个任务，第一个是优化加freq，第二个是计算单点能，详见这个帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &highlight=link

dnlx · 发表于 Post on 2023-4-27 20:50:54

本帖最后由 dnlx 于 2023-4-27 21:06 编辑

MrMr浩发表于 2023-4-27 14:40
有做能量，TS的能量跟前后的中间体都差了一二十kcal/mol

如果你已经展示IRC了，只需要拿Hammond规则来解释给审稿人。反应物、过渡态和产物的相对能量，在两个反应中应该有很大区别。前一个反应氧自由基连接的是叔碳应该更稳定，所以相对于后一个反应，过渡态更加远离氧自由基的情况。

或者再展示一下波函数分析的图件？

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-28 12:19:17

MrMr浩发表于 2023-4-27 14:41
之前就有在SI里放IRC的图，也把结构和虚频的方向放进去，但是这个审稿人还是在质疑，还说我的虚频是个什 ...

怀疑审稿人根本就没看到

czk_pku · 发表于 Post on 2023-7-20 22:22:33

请问一下，发帖人最终是怎么解决的呢？

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[综合交流] 自由基氢转移过渡态的合理性问题