计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1103|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合讨论] 求助:NEB方法计算气体扩散能垒

[复制链接 Copy URL]

107

帖子

0

威望

1216

eV
积分
1323

Level 4 (黑子)

本帖最后由 qmlearner 于 2023-4-26 18:04 编辑

大家好,有个问题想请教一下:
通常NEB方法用来搜索过渡态,看文献中有用这个方法计算气体分子在MOF中的扩散能垒(比如附件的文献),请问这样做靠谱吗?这种情况所需的images应该怎么产生呢?
谢谢!



202304261739547364..png (90.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

202304261739547364..png

202304261738575593..png (54.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

202304261738575593..png

2019 Angew.pdf

7.36 MB, 下载次数 Times of downloads: 31

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112486

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-4-27 00:09:57 | 只看该作者 Only view this author
属于很常规的计算
先把分子在不同位点上的吸附结构优化出来,然后参考二者的结构,自己摆一个或多个中间经历的结构作为插点的结构,结合前面那两个极小点结构一起做NEB就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

107

帖子

0

威望

1216

eV
积分
1323

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-27 17:13:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-27 00:09
属于很常规的计算
先把分子在不同位点上的吸附结构优化出来,然后参考二者的结构,自己摆一个或多个中间经 ...

谢谢卢老师:)那是不是可以跟搜索过渡态一样,找到能量最高点之后,计算结构的自由能,然后就可以得到不同温度下的扩散自由能垒。

90

帖子

0

威望

1002

eV
积分
1092

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2023-4-27 20:22:54 | 只看该作者 Only view this author
图省事的话,把分别气体放到2个地方,分别结构优化,然后跑Cl-NEB,中间你可以插3或5或7等不同的点

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112486

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2023-4-28 12:24:42 | 只看该作者 Only view this author
qmlearner 发表于 2023-4-27 17:13
谢谢卢老师:)那是不是可以跟搜索过渡态一样,找到能量最高点之后,计算结构的自由能,然后就可以得到不 ...

是。但前提是CI-NEB而非常规的NEB
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

107

帖子

0

威望

1216

eV
积分
1323

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-28 21:38:38 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2023-4-27 20:22
图省事的话,把分别气体放到2个地方,分别结构优化,然后跑Cl-NEB,中间你可以插3或5或7等不同的点

好的,谢谢:))

107

帖子

0

威望

1216

eV
积分
1323

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-28 21:39:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-28 12:24
是。但前提是CI-NEB而非常规的NEB

谢谢社长:)

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 19:36 , Processed in 4.389000 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list