求助：膜蛋白体系在加热后的平衡步骤中水散开是什么原因？

Jmiyu

    在amber20软件中进行最小化、加热、平衡时，发现膜两边水会散开是什么原因呢？ 新手求助，还请各位老师不吝赐教~
    设置了周期盒子：set com box {130 130 120}
    平衡in如下：
#Lipid production 303K 0.1ns
&cntrl
  imin=0,
  ntx=5,
  irest=1,
  ntc=2,
  ntf=2,
  tol=0.0000001,
  nstlim=50000,
  ntt=3,
  gamma_ln=2.0,
  temp0=303.15,
  tempi=303.15
  ntpr=5000,
  ntwr=5000,
  ntwx=5000,
  dt=0.002,
  ig=-1,
  ntb=2,
  ntp=1,
  iwrap=0
  cut=10.0,
  ioutfm=1,
  ntxo=2,
  ntr=1,
  nmropt=1,
  watnam='WAT',
  owtnm='O',
/
&ewald
  skinnb=5,
/
&wt TYPE='END'
/
&end
Protein posres
5.0
RES 1 446
END
Membrane posres
5.0
FIND
P31 * * PC
SEARCH
RES 1 8543
END
END   

sobereva

处理轨迹的周期边界条件记录方式，把原子卷到盒子里就完了。cpptraj、VMD等都能干（VMD里用pbc wrap -all命令）

Jmiyu

sobereva 发表于 2023-4-26 23:40
处理轨迹的周期边界条件记录方式，把原子卷到盒子里就完了。cpptraj、VMD等都能干（VMD里用pbc wrap -all命 ...

明白了 非常感谢老师的回复！     查阅过一些相关问题处理方法很多提到“iwrap=1”这个参数设定值，还想问一下老师 我设定该值为1时，为何结构会里外翻转（如图）？也是周期性边界的原因吗？   C:\Users\Administrator\Desktop\1683094187642.jpg