求助：用CP2K跑NVT，采用周期性边界条件时原子跑出盒子

we12306 · 发表于 Post on 2023-4-28 21:07:50

本帖最后由 we12306 于 2023-4-28 21:10 编辑

我在使用xTB跑石墨晶体中夹杂Xe原子的NVT时，发现明明是周期性边界条件，而越过边界的Xe原子没有到盒子另一侧，而是跑出了盒子是怎么回事？

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-4-29 15:21:25

请问一下这个。inp参数默认设置的是BOMD吗

we12306 · 发表于 Post on 2023-4-29 16:07:45

Weldingspock 发表于 2023-4-29 15:21
请问一下这个。inp参数默认设置的是BOMD吗

按照http://bbs.keinsci.com/thread-21981-1-1.html中的解释，基于xTB就是BOMD。请问你知道为啥这个原子会出去吗？这跟MM模拟中的周期性是不是不一样，还是我的设置有问题？

乐平 · 发表于 Post on 2023-4-29 17:08:43

we12306 发表于 2023-4-29 16:07
按照http://bbs.keinsci.com/thread-21981-1-1.html中的解释，基于xTB就是BOMD。请问你知道为啥这个原子 ...

用 VMD 打开 .xyz 轨迹。

在 VMD 的主功能界面的菜单栏中找到 Extensions ——> Tk Console，然后输入

pbc set {a, b, c, alpha, beta, gamma} -all ##号后面不用输入，意义为 a, b, c 是盒子（晶格）长度，alpha, beta, gamma 是角度
pbc box -all
pbc wrap -all

复制代码

we12306 · 发表于 Post on 2023-4-29 17:17:56

乐平发表于 2023-4-29 17:08
用 VMD 打开 .xyz 轨迹。

在 VMD 的主功能界面的菜单栏中找到 Extensions ——> Tk Console，然后输入 ...

非常感谢！！！我还要一个问题是请问如果不这样处理，直接将原始的XYZ坐标和受力输入到神经网络中是不是训练的会有问题？

乐平 · 发表于 Post on 2023-4-29 17:27:56

we12306 发表于 2023-4-29 17:17
非常感谢！！！我还要一个问题是请问如果不这样处理，直接将原始的XYZ坐标和受力输入到神经网络中是不是 ...

轨迹本身就已经是满足周期性边界条件的，上面的设置只是将原子“显示”在盒子里而已。
不影响你后续的计算。

we12306 · 发表于 Post on 2023-4-29 17:56:24

乐平发表于 2023-4-29 17:27
轨迹本身就已经是满足周期性边界条件的，上面的设置只是将原子“显示”在盒子里而已。
不影响你后续的计 ...

好的，非常感谢您的回复！！

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