计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2108|回复 Reply: 15
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] Gromacs模拟计算分子振动谱需不需要基于力场乘以相应的频率校正

[复制链接 Copy URL]

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

  众所周知,利用量子化学方法如Gaussian计算分子的红外光谱,需要根据泛函和基组的选择来对频率乘一个系数来进行频率校正。
  同时,分子动力学方法也可以计算模拟体系中分子的振动谱,得到强度随频率的谱图。
  想问下老师,分子动力学方法计算的振动谱图需不需要基于不同的力场,来对频率横坐标乘一个系数进行校正呢。
顶天立地,树德明智,奋斗创新

64

帖子

1

威望

2356

eV
积分
2440

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2023-5-4 15:53:23 | 只看该作者 Only view this author

应该不能直接校正 参见文章 J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 3307−3315

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-5-4 16:43:57 | 只看该作者 Only view this author
没有现成的系数可用。如果你有实验谱,为便于和实验谱对照的可以取一个合适的系数去凑实验
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-4 18:01:02 | 只看该作者 Only view this author
goldNAN 发表于 2023-5-4 15:53
应该不能直接校正 参见文章 J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 3307−3315

感谢指导,我看一看
顶天立地,树德明智,奋斗创新

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-4 18:04:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-4 16:43
没有现成的系数可用。如果你有实验谱,为便于和实验谱对照的可以取一个合适的系数去凑实验


      感谢老师,我之前算水盒子的光谱时候老是跟实验对不上,力场AMBER14OL15+TIP3P水,看了一篇文章里有说MD结果跟JCP CP两篇文章结果对照,吻合很好。我还在纠结到底是哪里出错了。看来是可以这样找个系数去凑一下来说明分子动力学方法算振动谱方法没问题。
      我这样理解正确吗。
顶天立地,树德明智,奋斗创新

1万

帖子

0

威望

9889

eV
积分
22134

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2023-5-4 20:44:57 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2023-5-4 11:04
感谢老师,我之前算水盒子的光谱时候老是跟实验对不上,力场AMBER14OL15+TIP3P水,看了一篇文章 ...

你算出来的光谱是什么样子的?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-5 08:21:06 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-4 20:44
你算出来的光谱是什么样子的?


模型是AMBER14SBOL15的TIP3P水模型,计算方法是基于分子偶极矩自相关函数。
顶天立地,树德明智,奋斗创新

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2023-5-5 22:23:44 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2023-5-5 08:21
模型是AMBER14SBOL15的TIP3P水模型,计算方法是基于分子偶极矩自相关函数。

看文献里用的什么水模型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-6 08:12:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-5 22:23
看文献里用的什么水模型

CHARMM36力场  SPC/E水模型
顶天立地,树德明智,奋斗创新

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2023-5-6 20:33:06 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2023-5-6 08:12
CHARMM36力场  SPC/E水模型

弄成和文献的条件完全一样再说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

11#
发表于 Post on 2023-5-7 16:16:06 | 只看该作者 Only view this author
一个最基本的问题,你先把H的键长约束放掉并且减少步长

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-11 11:22:30 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2023-5-7 16:16
一个最基本的问题,你先把H的键长约束放掉并且减少步长

这个计算已经去掉了,水用DFLEXIBIE柔性水,hbonds=none  步长1飞秒
顶天立地,树德明智,奋斗创新

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-11 11:23:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-6 20:33
弄成和文献的条件完全一样再说

感谢老师的回复,我也按文章条件计算了SPC/E水模型的光谱,符合较好,请问社长是水模型自身的原因,导致TIP3P模型对重现水的光谱性质较差吗。
顶天立地,树德明智,奋斗创新

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125176

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2023-5-11 12:37:54 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2023-5-11 11:23
感谢老师的回复,我也按文章条件计算了SPC/E水模型的光谱,符合较好,请问社长是水模型自身的原因,导致T ...

如果其它因素都排出了,那就只可能是这个带来的了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

188

帖子

0

威望

1498

eV
积分
1686

Level 5 (御坂)

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-11 13:58:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-11 12:37
如果其它因素都排出了,那就只可能是这个带来的了

嗯我明白了,感谢社长。顺便问下社长,TIP3P与AMBER结合良好描述蛋白的性质这个是在哪篇文章里提的。求社长分享一下
顶天立地,树德明智,奋斗创新

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 09:51 , Processed in 0.191729 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list