能量最小化后带正电的分子聚集且位置出错

chelleliliu · 发表于 Post on 2023-5-9 10:43:55

我做的多肽穿膜体系，能量最小化前如p1,5个带正电多肽均匀分布于膜上，能量最小化后，5个多肽聚集进入膜内，膜内部分分子类似于被置换出来，呈现原多肽的位置及分布，且用于中和电荷的钠离子也聚团处于角落，这是什么原因呢？求解答谢谢

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-5-9 20:14:51

用的什么em算法？steep还是cg？有无位置限制？

chelleliliu · 发表于 Post on 2023-5-10 14:39:50

萌新杨同学发表于 2023-5-9 20:14
用的什么em算法？steep还是cg？有无位置限制？

steep 无位置限制

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[GROMACS] 能量最小化后带正电的分子聚集且位置出错