求助：使用MS构建交联模型后如何统计网络中的结构例如悬垂链环之类的

乐黄郡 · 发表于 Post on 2023-5-9 15:00:10

我使用了MS中的compassII立场构建了一个叠氮化物的交联模型使用lammps工具将其转换为了pdb文件里面存在数据缺失但是pdb文件可以被VMD识别这里想问一下各位老师要如何根据pdb统计网络内部的结构例如悬垂链环分子链之类的我的模型比较小所以真自己去数数的话也是可以的就是这样出来的数据肯定是有些问题的（人眼疲劳）这些结构有没有什么方法来统计像是python脚本之类的

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-9 22:29:46

google试图搜现成的脚本，没有的话就自己在VMD里写脚本

乐黄郡 · 发表于 Post on 2023-5-10 14:42:40

sobereva 发表于 2023-5-9 22:29
google试图搜现成的脚本，没有的话就自己在VMD里写脚本

谢谢sob老师我去找一下
还有一个问题，我在找方法的时候看到过使用MDAnalysis 提取pdb文件中链的信息但是我去MDAnalysis的官网没看到类似的例子不知道是否可行

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-10 22:05:04

乐黄郡发表于 2023-5-10 14:42
谢谢sob老师我去找一下
还有一个问题，我在找方法的时候看到过使用MDAnalysis 提取pdb文件中链的信息 ...

我不用MDAnalysis。获得链的信息这种事依靠VMD里的命令也能实现

乐黄郡 · 发表于 Post on 2023-5-11 11:12:17

sobereva 发表于 2023-5-10 22:05
我不用MDAnalysis。获得链的信息这种事依靠VMD里的命令也能实现

我去找一些相关资料谢谢sob老师解答

moni0823 · 发表于 Post on 2023-5-16 15:17:32

你好，你的叠氮化物的模型是怎样的，可以借鉴一下吗？因为我在MS上面建模，建的模型一直有问题，结构优化一直报错。

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[Material Studio] 求助：使用MS构建交联模型后 如何统计网络中的结构 例如 悬垂链 环之类的

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