[GROMACS] 求助：得到原子编号三联对

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发表于 Post on 2023-5-9 19:14:36 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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请教各位前辈，我想得到AOP参数，在网上参考了李老师关于AOP参数的帖子按照李老师第一步的gmx select命令出现了这样的错误，其中2913为体系内随机的一个氧原子
想请教一下这是什么原因，应该如何解决

另外不太理解AOP是一个由三体构型组成的参数，那不就意味着他是代表着一个水分子与他周围一定范围内水分子的偏离程度吗？那对于体系来说他有那么多水分子需要把所有水分子都当成一次中心水分子得到所有的中心水分子的AOP参数再取平均才能说明体系的状态吗？

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错误

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