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[CP2K] 求助cp2k结果如何消除周期性

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楼主
我使用cp2k进行了AIMD,在产生的dcd轨迹文件中,发现有部分分子离开了盒子,请教一下各位大佬如何消除其周期性?

cp2k_rj.inp

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cp2k.out

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发表于 Post on 2023-5-10 15:11:04 | 只看该作者 Only view this author
本来记录的就是没有周期性的轨迹
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发表于 Post on 2023-5-10 15:36:12 | 只看该作者 Only view this author
别自己在标题里手写[CP2K]标签,这次给你去了,以后注意

分子离开盒子是因为默认记录轨迹时没有考虑周期性,倘若你要将之卷回盒子里需要令轨迹考虑周期性。VMD里输入pbc wrap -all可实现
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-11 13:06:13 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师

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