energy中nmol变量求教

rdcfm1223 · 发表于 Post on 2023-5-12 17:52:41

在sob老师的讲义里是这样描述的：“如果（在energy命令后）写-nmol[盒子内分子数]，则得到的每摩尔分子的热力学性质。如果不写-nmol则得到的是每摩尔这种盒子的热力学性质”
我有两个疑问：
1、每摩尔分子和摩尔盒子的区别是啥？
2、如果是水和真空的体系， energy函数给出的密度，包含真空区域嘛？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-12 17:57:50

1 比如模拟一个含216个水的盒子，写了-nmol 216得到的是每mol水分子的热力学量，不写的话得到的是每mol含有216个水的盒子的热力学量，显然明显不一样

2 gmx energy叫程序不叫函数
整个盒子里的总质量除以整个盒子的体积
如果你就是要考察水部分的密度，用gmx density

rdcfm1223 · 发表于 Post on 2023-5-12 19:17:52

sobereva 发表于 2023-5-12 17:57
1 比如模拟一个含216个水的盒子，写了-nmol 216得到的是每mol水分子的热力学量，不写的话得到的是每mol含有 ...

谢谢sob老师教我

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[GROMACS] energy中nmol变量求教