gmx_MMPBSA要用到的带力场的小分子mol2文件怎么准备？

Arimakousei · 发表于 Post on 2023-5-15 14:54:21

请问各位大佬在用gmx_MMPBSA分析的时候，要用到的带力场的小分子mol2文件怎么准备的呢，之前用的网页版的Acpype会自动生成，后来改用卢老师的sobtop不知道怎么弄了，官网上只说mol2文件只用来生成配体top，我就直接grep了MD初始阶段的小分子mol2，但是运行MMPBSA的时候出现了这样的报错

casea · 发表于 Post on 2023-5-16 09:59:26

直接提供产生的小分子top即可

Huschein · 发表于 Post on 2023-5-16 11:12:28

亲测不需要mol2，你的top里面include小分子itp，然后-cg 正确指定就行

Arimakousei · 发表于 Post on 2023-5-25 21:37:11

casea 发表于 2023-5-16 09:59
直接提供产生的小分子top即可

好的，感谢

Arimakousei · 发表于 Post on 2023-5-25 21:38:33

Huschein 发表于 2023-5-16 11:12
亲测不需要mol2，你的top里面include小分子itp，然后-cg 正确指定就行

好的，我试试

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