分子力场的improper torsion怎么去理解？

jackie

我们知道分子力场中主要包含：键长，键角，二面角，vdw和静电这几项。但实际上在拟合参数的时候公式模型中也加了一项里平面振动项，也就是improper torsion。请教一下各位这个improper torsion这个怎么去理解，它的物理意义是什么？

sobereva

jackie

sobereva 发表于 2016-7-14 21:55

非常明白，谢谢sob老师哦

jackie

sobereva 发表于 2016-7-14 21:55

但是还有个问题，就是关于out of plane的公式表达形式，我查的是V=k(t-teq)^2,和老师您给的形式不一样，我们应该采用哪种形式的函数？

sobereva

jackie 发表于 2016-7-15 08:58
但是还有个问题，就是关于out of plane的公式表达形式，我查的是V=k(t-teq)^2,和老师您给的形式不一样， ...

你那种也对，形式并不唯一，都能达到相同目的

jackie

sobereva 发表于 2016-7-15 12:35
你那种也对，形式并不唯一，都能达到相同目的

老师，追问一下，AMBER的improper torsion的公式是什么？没有查到，是和二面角的表达形式一样吗

sobereva

jackie 发表于 2016-7-17 11:01
老师，追问一下，AMBER的improper torsion的公式是什么？没有查到，是和二面角的表达形式一样吗

一样

KiritsuguPapa

jackie 发表于 2016-7-15 08:58
但是还有个问题，就是关于out of plane的公式表达形式，我查的是V=k(t-teq)^2,和老师您给的形式不一样， ...

那种out of plane，定义成简谐势的，好像在charmm里用的是那个；
amber用的是improper torsion，定义和一个n=2的二面角项一毛一样。

目的都是一样的，sob发的图里解释了。

jackie

KiritsuguPapa 发表于 2016-7-20 16:38
那种out of plane，定义成简谐势的，好像在charmm里用的是那个；
amber用的是improper torsion，定义和 ...

got it, thank u. 但是这两个力场采用的公式不一样吧，anmer的和二面角的一样，charmm就是胡克定律那个公式？

KiritsuguPapa

jackie 发表于 2016-7-28 08:44
got it, thank u. 但是这两个力场采用的公式不一样吧，anmer的和二面角的一样，charmm就是胡克定律那个公 ...

对 简谐势就是胡克定律

alystone

sobereva 发表于 2016-7-20 13:07
一样

amber里用的参数和out of plane用的参数是否可以互相转换。

熊猫黑又白

在高斯中：
如何实现离面弯曲角θ的柔性扫描？
如何定义离面弯曲角θ？

喵星大佬

熊猫黑又白 发表于 2021-3-11 14:27
在高斯中：
如何实现离面弯曲角θ的柔性扫描？
如何定义离面弯曲角θ？

自己定义冗余内坐标扫描，你都有三个点确定一个平面了，线和面的夹角还不能表示嘛

熊猫黑又白

喵星大佬 发表于 2021-3-12 04:51
自己定义冗余内坐标扫描，你都有三个点确定一个平面了，线和面的夹角还不能表示嘛

好的，非常感谢！