求助：如何让分子从盒子的一侧变为另一侧

tsgyls · 发表于 Post on 2023-5-23 22:38:46

本帖最后由 tsgyls 于 2023-5-23 22:38 编辑

想要模拟中心分子掺杂在PMMA中的情况，然后用oniom做进一步处理，但是因为聚合物的链比较扭曲，所以形状不是很规整，导致单个盒子中的掺杂分子有部分暴露在外面能否找到一个办法，把左侧的PMMA移到右侧，使得构建的oniom中的中心分子都有PMMA覆盖
左侧的PMMA在周期性条件中会有部分位于盒子右侧

现在想到的只有手动改坐标的方法

含光君 · 发表于 Post on 2023-5-24 00:27:08

你想把所有原子都放到盒子里面还是只想移动特定的几个原子？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-24 01:13:37

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）
参看里面的“产生中心分子+相邻分子的团簇结构”。此功能对这么大体系我没测试过，你可以试试。实在不行就构造超胞，用VMD的选择语句（利用诸如same resid as within 5 of xxx)把中心分子和相邻分子保存出来。

tsgyls · 发表于 Post on 2023-5-24 08:43:44

含光君发表于 2023-5-24 00:27
你想把所有原子都放到盒子里面还是只想移动特定的几个原子？

就是有分子的一部分位于盒子外时，gromacs默认将它放在盒子的左侧，我想把它放在盒子的右侧

tsgyls · 发表于 Post on 2023-5-24 10:02:59

sobereva 发表于 2023-5-24 01:13
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thre ...

谢谢sob老师，我用构造超胞的方式解决了这个问题

含光君 · 发表于 Post on 2023-5-24 11:31:49

tsgyls 发表于 2023-5-24 08:43
就是有分子的一部分位于盒子外时，gromacs默认将它放在盒子的左侧，我想把它放在盒子的右侧

可以试试命令行 pbc wrap -all

tsgyls · 发表于 Post on 2023-5-24 20:35:21

含光君发表于 2023-5-24 11:31
可以试试命令行 pbc wrap -all

谢谢解答，我最后还是用了sob老师说的在Multiwfn中构建超胞，再用vmd的选择语句解决了这个问题

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：如何让分子从盒子的一侧变为另一侧