求助：真空条件下模拟，box瞬间变小导致全部分子挤在了一块，如何解决？

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-5-22 13:40:05

我构建了无溶剂的体系，进行nvt、npt平衡后，box大小还是正常的，但模拟完成后我看轨迹动画发现，在开始的瞬间box就变得特别小，导致我所有的物质都挤成了一块，请问这是什么原因？要如何解决呢？

pal · 发表于 Post on 2023-5-22 15:39:21

所以真空环境为啥要npt

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-5-22 17:17:39

pal 发表于 2023-5-22 15:39
所以真空环境为啥要npt

不进行npr的话，就不会出现这种情况嘛，刚入门没多久不是特别了解

pal · 发表于 Post on 2023-5-22 19:23:11

npt是等压，想想真空体系外部施加一个恒定的压力会怎么样呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-22 23:18:01

孤立体系在真空下模拟，要么不考虑周期性（此时根本没盒子的事。较新版本GROMACS已不支持），要么不用控压，由此维持盒子尺寸，使得体系附近真空区一直存在。

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-5-22 23:23:11

sobereva 发表于 2023-5-22 23:18
孤立体系在真空下模拟，要么不考虑周期性（此时根本没盒子的事。较新版本GROMACS已不支持），要么不用控压 ...

请问老师，如何做到不控压呢，老师有没有不控压的mdp文件可以让我参考学习呢？感谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-23 02:04:46

sd6512066 发表于 2023-5-22 23:23
请问老师，如何做到不控压呢，老师有没有不控压的mdp文件可以让我参考学习呢？感谢老师

默认就不用压浴。你不刻意设压浴自然就不控压了

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-5-23 10:24:13

pal 发表于 2023-5-22 19:23
npt是等压，想想真空体系外部施加一个恒定的压力会怎么样呢

好的好的，感谢

sd6512066 · 发表于 Post on 2023-5-23 10:30:52

sobereva 发表于 2023-5-23 02:04
默认就不用压浴。你不刻意设压浴自然就不控压了

老师，请问我这个真空体系在进行能量最小化的过程势能大于0是否正常呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-23 23:36:01

sd6512066 发表于 2023-5-23 10:30
老师，请问我这个真空体系在进行能量最小化的过程势能大于0是否正常呢？

没法简单因为大于零就说有什么不正常之处

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