小分子.str文件中penalty值如何验证

CCCCCC921 · 发表于 Post on 2023-5-22 14:21:50

请问各位老师，在小分子和蛋白的动力学模拟中，我通过GROMACS Tutorial推荐的CGenFF获取的小分子.str文件种，小分子的penalty很大，超过了50，请问我该怎么样进行验证修改以便于继续进行模拟呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-22 22:53:41

我个人推荐始终用GAFF描述小分子
用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建拓扑文件非常容易，而且还有标准、可靠、省事的计算原子电荷的方法，见下文
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

penalty大的情况可靠性就可能差，看看CGenFF原文就知道怎么回事了

CCCCCC921 · 发表于 Post on 2023-5-23 13:22:02

谢谢Sob老师，但是我在使用的Sobtop生成.itp文件之后，加入复合物的.gro文件后出现报错
ERROR 1 [file zin1.itp, line 10]:
Atomtype c3 not found
是否需要手动修改

CCCCCC921 · 发表于 Post on 2023-5-23 20:15:02

CCCCCC921 发表于 2023-5-23 13:22
谢谢Sob老师，但是我在使用的Sobtop生成.itp文件之后，加入复合物的.gro文件后出现报错
ERROR 1 [file zin ...

看了您别的帖子的回答，我已经解决了这个问题。此外还有一个问题想请教老师，我是自己的小分子想去做对接，我的理解是有小分子的mol2文件就可以直接用sobtop程序生成拓扑文件，请老师批评指正

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[分子对接] 小分子.str文件中penalty值如何验证