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[GROMACS] 求助:利用校正轨迹后的xtc文件来计算相互作用能,数据异常的原因?

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本帖最后由 sd6512066 于 2023-5-22 14:50 编辑

利用下图1的方法计算了相互自由能,我自己需要的稳定构象的作用能是没问题的,但当我在计算平均作用能的时候发现有部分的数据非常异常,Coul-SR是负数但LJ-SR会出现很大的数,不知道是什么原因所导致,这样是不是代表我整个数据都不能用?
94700.000000  -8608.433594  -256.771179  -417.753754  38906477150208.000000  -2099.024170   -7.068302
94710.000000  -8648.493164  -293.506592  -647.726135  41408899579904.000000  -2103.358887  -65.837959
94720.000000  -8575.083984  -253.945374  -37.758816  37773438976.000000  -2186.935547  -44.256859
94730.000000  -8758.062500  -241.074295  884.035339  37311046620282880.000000  -2143.982178  -78.821342
94740.000000  -8726.827148  -232.686569  -240.524231  21382111232.000000  -2107.562744  -17.497047
94750.000000  -8751.484375  -311.351196   50.129650  4125.484375  -2069.730469  -64.304054
94760.000000  -8714.401367  -248.870071  171.976959  45858416.000000  -2162.252930  -74.591942
94770.000000  -8711.529297  -264.114838  -255.536911  15979801634406400.000000  -2104.364258  -40.184509
94780.000000  -8599.808594  -342.826660  434.171906  11956758528.000000  -2198.753418  -60.641857
94790.000000  -8734.046875  -285.688843  189.846817  41877016576.000000  -2141.372559  -70.980080

46ab8fe45e3865d3918656d5e43c85c.png (101.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

计算方法

计算方法

1684735243605.png (96.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

异常帧动画

异常帧动画

ie_amy1amy2.mdp

2.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

补充用于grompp的mdp文件

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发表于 Post on 2023-5-22 14:53:24 | 只看该作者 Only view this author
这种方法太粗糙了,稍微好一点就用MMPB/GBSA, 再好一些就FEP

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-22 15:02:59 | 只看该作者 Only view this author
Huschein 发表于 2023-5-22 14:53
这种方法太粗糙了,稍微好一点就用MMPB/GBSA, 再好一些就FEP

这种异常的结果会跟计算方法有关吗?也想请教下怎么用MMPB/GBSA,感谢回复

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发表于 Post on 2023-5-22 22:56:21 | 只看该作者 Only view this author
sd6512066 发表于 2023-5-22 15:02
这种异常的结果会跟计算方法有关吗?也想请教下怎么用MMPB/GBSA,感谢回复

https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

你这样的得到的相互作用能没有实际意义,不考虑溶剂效应绝对不行,这对结合有至关重要的影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-22 23:10:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-22 22:56
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

你这样的得到的相互作用能没有实际意义,不考虑溶 ...

请教一下,没有实际意义的原因是什么呢?是这种算法本身存在的问题吗?
感谢sob老师

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发表于 Post on 2023-5-23 02:05:08 | 只看该作者 Only view this author
sd6512066 发表于 2023-5-22 23:10
请教一下,没有实际意义的原因是什么呢?是这种算法本身存在的问题吗?
感谢sob老师

溶解自由能对结合自由能贡献巨大。稍微了解点MMPBSA的背景知识就知道怎么回事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-23 10:22:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-23 02:05
溶解自由能对结合自由能贡献巨大。稍微了解点MMPBSA的背景知识就知道怎么回事

那请问老师,在真空条件下用这种计算方式是否就有意义了呢

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发表于 Post on 2023-5-23 23:33:48 | 只看该作者 Only view this author
sd6512066 发表于 2023-5-23 10:22
那请问老师,在真空条件下用这种计算方式是否就有意义了呢

如果你就是想考察真空下的相互作用情况,可以这样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-24 14:34:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-23 23:33
如果你就是想考察真空下的相互作用情况,可以这样

感谢sob老师!

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