计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7972|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] ESP分析数据提取问题

[复制链接 Copy URL]

82

帖子

0

威望

1300

eV
积分
1382

Level 4 (黑子)

各位大侠,在做ESP分析时,如图一,分辨不清楚那个极值点对应的位置,即构型翻转时对应的极值点位置发生变化。例如:想要讨论羟基中氢附近的静电势在激发前后发生怎样的变化,怎样确定氢对应的极值点是哪个?  另外,是否可以选项11中读出每个原子对应的静电势值,在图二和图三中,哪些值可以用来讨论静电势值的变化。谢谢!

图一.jpg (29.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

图一:极大值、极小值静电势图

图一:极大值、极小值静电势图

图二.jpg (37.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

图二:选项11,原子静电势值一

图二:选项11,原子静电势值一

图三.jpg (28.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

图三:选项11,原子静电势值二

图三:选项11,原子静电势值二

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2016-7-20 12:32:31 | 只看该作者 Only view this author
图形界面右侧把ratio of atomic size设为4.0,此时原子球对应于原子范德华半径,这样就能比较容易看出原子和极值点的位置对应关系了

对于原子,从分子表面静电势分析的角度上只能说原子露在表面区域的静电势平均值(图3的all那列)、方差等等,要考察原子在两个电子态间原子的电荷改变量最好用原子电荷的变化来考察
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

82

帖子

0

威望

1300

eV
积分
1382

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-27 08:46:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-20 12:32
图形界面右侧把ratio of atomic size设为4.0,此时原子球对应于原子范德华半径,这样就能比较容易看出原子 ...

谢谢sob。之前就把ratio of atomic size设为4.0,因为构型不平面,调整下角度发现对应点变化了,对此很郁闷,并不确定位置,本来想要在输出数据中查找,这样更加精确些。请问下图二中每个原子对应的Minimal value 和Maximal value 是啥意思? 是该原子附近的ESP最小和最大值? 谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2016-7-27 12:35:46 | 只看该作者 Only view this author
HERO 发表于 2016-7-27 08:46
谢谢sob。之前就把ratio of atomic size设为4.0,因为构型不平面,调整下角度发现对应点变化了,对此很郁 ...


图2里统计的都是分子表面中对应于各个原子的局部表面上的静电势统计量,所以显然minimal和maximal value就是原子局部表面上的静电势最小值和最大值。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 04:26 , Processed in 0.150601 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list