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[GROMACS] 求助单个气体分子模拟温度耦合方式的选择

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请问各位老师,我在计算单个气体分子跨膜PMF的过程中,温度耦合方式选择了V-rescale,请问是否合适,
对于这种分子数很少的模拟,请问选择那种温度耦合方式最为合适

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发表于 Post on 2023-5-24 01:18:03 | 只看该作者 Only view this author
合适
始终用V-rescale
但应当说清楚你打算怎么设控温组。不要把过少原子数的部分单独设成一个控温组。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-24 09:50:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ccccc123 于 2023-5-25 15:24 编辑

感谢老师的回复,我的体系是一层材料铺上离子液体,计算一个气体分子穿膜过程中的PMF,请问老师我该怎么设置控温组,目前已经做过以下尝试
1:将离子液体和气体一起耦合,但是结果很不理想,结果如下第一张图
2:换成二者分开耦合,结果如第二张图所示看起来还算正常
两种设置均使用v-rescale耦合,除控温组之外,其他设置均相同所以请问老师,我的设置有没有什么问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-26 10:46:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-24 01:18
合适
始终用V-rescale
但应当说清楚你打算怎么设控温组。不要把过少原子数的部分单独设成一个控温组。

老师可以再指教一下吗

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